在上个千年的黎明，贸易船在西边的印度和东边的中国之间航行，穿过孟加拉湾并通过马六甲海峡。一路上，商人们将印度文化--特别是印度教和佛教，以及科学和艺术的进步、梵文书写系统和复杂的国家模式--传播到东南亚大陆，最东边是越南的南半部，并通过印度尼西亚的岛屿向下传播。
在接下来的几个世纪里，该地区出现的帝国接受了这种新文化的许多（和不同的）元素，使其符合当地的习俗和信仰。最令人印象深刻的帝国是高棉人的帝国，它发展于8世纪。在其鼎盛时期，它覆盖了今天的柬埔寨、老挝和泰国的大部分地区。高棉人为他们的神王（devaraja）建造了吴哥寺庙，还在洞里萨（大湖）周围的大片土地上建立了复杂的灌溉系统。与此同时，在东南亚海洋地区，苏门答腊岛东南部的强大王国Srivijaya从7世纪到12世纪控制了通过爪哇海的航运。斯里维加亚的首都巴伦邦是一个重要的贸易和佛教研究的国际大都市中心。
大约从14世纪开始，与今天的东南亚地图大致对应的区域特征开始逐渐清晰。高棉帝国在西部新兴的泰国城市王国的压力下瓦解了。大城(Ayutthaya)（又称暹罗，14-18世纪）是泰国最强大的政体，其领土覆盖了现代泰国的大部分地区和缅甸的一部分。马贾帕希特王国（13-15世纪）统一了从苏门答腊到新几内亚的印度尼西亚，有效控制了海洋。大越王国长期与北方的中国人对立，在后黎王朝（15-18世纪）时期，大越王国开始了自己的发展，将其边界向南延伸，形成了一个类似于今天越南的国家。
早在10世纪，贸易之风就从印度和中东带来了一股新的文化力量。伊斯兰教。它的传播速度很慢，而且相对和平：皈依伊斯兰教意味着可以进入整个穆斯林世界的庞大贸易网络，并摆脱印度教-佛教的斯里维加亚僵化的种姓制度。到17世纪，新的宗教在整个马来西亚、印度尼西亚、泰国南部和菲律宾的棉兰老岛都已牢固确立。这一时期的特点也是印度教的影响逐渐减弱。虽然古老的宗教仍然在艺术中回荡，但从斯里兰卡传播而来的上座部佛教已经成为东南亚大陆大多数王国的主导信仰。
欧洲商人于16世纪开始出现在东南亚海域，寻找传说中的 "香料群岛"（印度尼西亚东部的马卢卡群岛）。葡萄牙人是第一个到达的，随后是荷兰人。起初，他们并没有引起什么恐慌：该地区早已习惯了与不同民族的贸易。然而，如果说欧洲人有什么优势的话，那就是时机：古典时代的帝国已经变得捉襟见肘，脆弱不堪。荷兰人积极寻求贸易垄断，他们的努力使他们卷入了印度尼西亚的政治；最终，荷兰人赢得了对爪哇的控制权，然后在19世纪初赢得了整个印度尼西亚（被称为荷属东印度群岛）。
工业革命提高了赌注，增加了欧洲对东南亚可以提供的原材料（如橡胶、石油和锡）和商品（如咖啡、糖和烟草）的需求。在19世纪，英国人在马来半岛和缅甸各地争夺权力；法国人利用炮舰外交，占领了越南、柬埔寨和老挝（统称为法属印度支那）。与此同时，西班牙人将目光投向了菲律宾，当时菲律宾是一个由各种岛屿组成的集合体，彼此之间的政治和文化联系不大。当他们在16世纪到达时，他们能够迅速地实施统治--和天主教--。
尽管泰国的势力范围被缩小了，但它是唯一保持独立的东南亚国家。人们常常把功劳归功于泰国国王，他们以西方的形象重塑了自己的国家，并把相互竞争的欧洲国家玩弄于股掌之间。
在二战爆发前夕，反殖民主义情绪在整个东南亚地区涌动。在战争期间，日本皇军轻而易举地横扫该地区。虽然一些当地人最初可能对赶走欧洲帝国主义持乐观态度，但事实证明，日本人是残暴的统治者；数以百万计的人被征召去做苦力。为了赢得当地的合作，日本人煽动了对西方的怨恨；作为一个意外的结果，在战争结束时，当日本人撤走，欧洲人返回时，民族主义情绪不仅高涨，而且有组织。
前殖民地一个接一个地赢得或获得了独立，但却面临着新的挑战：平民暴乱者、少数民族叛乱者和共产主义游击队--往往在冷战大国中国、苏联和美国的煽动下采取行动--经常破坏稳定。
越南从法国人手中解放后，最初被一分为二，北方归抵抗运动领导人和马克思主义者胡志明所有，南方归反共分子吴廷琰所有。美国担心一个共产主义的越南，并介入其中--先是偷偷摸摸，然后是全面战争--以挫败北方在共产主义统治下统一国家的努力。北方赢得了胜利，但只是在双方都遭受了灾难性的损失之后。
与此同时，在柬埔寨和老挝发生了一场影子战争，美国轰炸机试图通过越南邻国的通道来铲除越南共产主义游击队。柬埔寨陷入内战，红色高棉夺取了政权。波尔布特领导的新政权希望建立一个高棉族的农业共产主义社会。大量的人口--估计有150万柬埔寨人（占人口的20%）--在越南军队于1979年结束红色高棉残酷而可怕的四年统治之前被杀害。
20世纪60年代，印度尼西亚的反共产主义清洗导致数十万人死亡，苏哈托的独裁统治长达三十年。1962年的一场政变使缅甸迎来了长达半个世纪的、基本没有中断的军事统治。自1932年以来，泰国发生了十几次军事政变。马来西亚，特别是新加坡，被誉为该地区战后的成功案例，尽管秩序的维持往往以牺牲公民自由为代价，通过反偷渡法和对新闻自由的限制。
总的来说，到20世纪90年代，该地区的情况正在好转。泰国、马来西亚、印度尼西亚和菲律宾似乎注定要追随 "亚洲四小龙"--新加坡、香港、台湾和韩国--的脚步，这些国家的经济在近几十年来不断飙升。在以市场为导向的改革的支持下，越南和柬埔寨这些曾经封闭的国家也开始开放了。然而，上升的趋势在1997年被破坏了，当时泰铢的崩溃引发了整个亚洲的金融危机。印度尼西亚卢比的价值急剧下降，破坏了印度尼西亚的稳定，以至于长期的独裁者苏加诺下台了。二十多年后，在国际金融界的干预下，该地区的情况比危机前要好--尽管腐败、效率低下和政治紧张局势仍在加剧。
20世纪是由长期的领导人主导的，而到了21世纪初，大多数人已经下台或被取代。这次换届带来了不确定性，但也带来了乐观情绪--也许真正的民主可以蓬勃发展。
本世纪迄今为止避免了全面战争，但仍有流血事件发生。在泰国南部边境省份，那里的居民大多是马来族穆斯林，分离主义团体轰炸了商场和市场。在缅甸--该地区少数民族比例最高，占总人口的30%--寻求更大自治权的少数民族叛乱分子和试图镇压他们的国家军队之间继续发生武装冲突。在印度尼西亚，特别是在雅加达和巴厘岛发生的恐怖主义行为与国际组织，如基地组织、伊斯兰祈祷团和伊斯兰国有关。
有时，稳定会让人感到绝望，遥不可及。随着2014年签署和平条约，承诺建立一个穆斯林自治区--班沙摩洛，菲律宾棉兰老岛数十年的暴力似乎终于要结束了。然而，在2017年，宣誓效忠于伊斯兰国的武装分子围攻了棉兰老岛的马拉维市，整个岛屿被置于军事统治之下。
