2001-2008年《仿生人》的故事情节弧线设定在一个科幻世界中，在一个存在于地下巨大穹顶的地下世界中，主要居住着部分有机物、部分机器生物。这个世界（被称为"玛托兰宇宙"）和它的种族曾经受到一位名叫玛塔努伊的大神的保护，直到他被邪恶的玛库塔-泰瑞达克斯和玛库塔兄弟会投进了永恒的沉睡。马托兰的世界开始崩坏。但储存在玛塔努伊体内的生命面具被送到太空中去寻找新的星球。面具降落在巴拉麦格纳星球上，面具创造了一个小身体。
2009年开始了一个全新的传奇故事线，抛开了之前的岁月，向着更新的可能性冒险，因为Mata Nui在被Makuta Teridax放逐后，坠落在一个神秘的荒芜星球上，叫做Bara Magna。在这里，他成为了故事的中心，并结交了新的盟友，他试图从Makuta Teridax的暴虐统治中找到拯救Matoran和Toa的方法。
2001年--寻找面具
故事从六个Toa Mata开始，Tahu、Lewa、Gali、Kopaka、Pohatu和Onua。Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu, and Onua, 来到一个被称为Mata Nui岛的岛屿，除了名字之外，他们什么都不记得。他们发现岛上的居民--马托兰村民，面临着被感染的Rahi不断的攻击，这些野蛮的野兽被Makuta Teridax通过使用被感染的卡诺希面具的强大影响力所控制，引起了一场持续约1000年的战争。在寻找并找到众多的卡诺希面具后，托亚人各自得到了一个拥有巨大力量的金色卡诺希面具，并寻找到了马库塔本人。在挑战了凶猛的玛纳斯螃蟹和暗影托亚（邪恶的二重身，类似于托亚的虚幻复制品）后，托亚们与牧田对峙，并通过联合他们的元素力量打败了他。
2002年----Bohrok Swarms
马库塔战败后，释放了古老的Bohrok。Bohrok是一种机器人无人机，被设计用来"清洗"马塔努伊岛，使其恢复到"前世"的状态。Bohrok开始撕裂岛上的村庄，迫使Matoran逃离。地球上一个富有创造力的Matoran，Nuparu，为了对抗虫群，用损坏的Bohrok的零件制造了一种名为Boxor的强大车辆。托亚人不知道Bohrok的目的，收集了Bohrok的Krana(面具类生物，功能是他们的大脑)来对抗Bohrok女王Bahhrag。Cahdok和Gahdok。被击败的Cahdok和Gahdok被封印在一个监狱创建的托阿的元素力量。然后，Toa Mata被暴露在一种名为Energized Protodermis的物质，这改变了他们，赋予他们新的盔甲和武器。他们将自己重新命名为"托亚努瓦"。
2003年----Bohrok-Kal罢工和光罩。
随着卡赫多克和加赫多克被击败，波赫罗克群被阻止，回到了自己的蜂巢。然而，六名新的精英博洛克，被称为博洛克-卡尔，出现的目的是释放巴哈格。然后，他们继续窃取托亚努瓦的力量，这是破解封印的关键。在濒临失败的时候，托亚人将自己所有的力量强行注入Bohrok-Kal，使其超负荷运转，打败了他们。
不久之后，两个马托兰人塔库亚和贾勒发现了卡诺希光之面具。他们的任务是穿越马塔努伊岛去寻找光之托亚。同时，Makuta创造并派出了六个被称为Rahkshi的生物来寻找面具并阻止光之托亚的到来。Rahkshi撕破了Mata Nui，摧毁了Ta-Koro和Onu-Koro的村庄。Rahkshi被制止的Toa，但没有杀死Jaller之前。Jaller的死亡导致Takua意识到他是光的托亚，他戴上面具成为托亚Takanuva。Takanuva去对抗Makuta，在他们的战斗中，他们都落入一个池子里的能量protodermis，一个银色的物质，具有改变或摧毁一个存在的力量，并成为融合在一起的Takutanuva。然后，Takutanuva继续打开梅特鲁努伊城的大门，让Matoran和Toa通过。使用他的一些生命能量，他复活了贾勒尔，同时还把门打开。然而，能量的使用太大，塔库坦努瓦被门压碎，似乎塔库坦努瓦和泰瑞达克斯都死了，只留下塔库坦努瓦的光之面具。塔库坦努瓦用他的面具激活了通往梅特鲁努伊的信标，塔库坦努瓦随即复活。之后，Matoran准备返回岛城Metru Nui。
2004年 -- -- 梅特鲁努伊的传说
当Matoran准备前往梅特鲁努伊时，Turaga(村里的长老)透露，他们曾经是托阿人，在梅特鲁努伊对抗莫布扎克植物生物和杜姆控制的Vahki执法队等威胁。他们作为马托兰，被托亚利坎祭出的含有力量的托亚石转化为托亚梅特鲁。他们的任务是找到六大磁盘，并击败莫尔布扎克，一个威胁要摧毁城市的植物威胁。然而，当他们这样做，他们被Dume，城市的Turaga背叛。后来，他们发现，Makuta Teridax已经采取了Dume的伪装，并采取了Vahki（执法机器人）的控制。他的计划是让玛托兰人沉睡，抹去他们的记忆，然后以"征服者的身份"重新唤醒他们。托亚人逃走了，但遭到了泰瑞达克斯的攻击。结合他们的元素力量，他们能够将Teridax封印在一个结晶化的原生质的监狱中。托亚人来到了一个新的岛屿，也就是后来的马塔努伊岛，他们发誓要回来拯救马托兰人。
2005年----影子之网
他们确实回来了。然而，邪恶的国王Sidorak和他的总督Roodaka一直在岛上统治，有邪恶的蜘蛛一样的生物，叫做Visorak。托亚人很快就被俘虏，并变异成兽化的托亚霍迪卡。为了恢复正常，托亚人找来了传说中的拉希-基顿古。然而，托亚-瓦卡马却背叛了其他托亚人，加入了西多拉克，西多拉克让他成为了维索拉克的领袖。其他托阿人在一场大战中与维索拉克部落对峙，并说服瓦卡马重新加入他们。瓦卡马于是下令放了维索拉克人。Keetongu随后杀死了Roodaka和Vakama背叛的Sidorak。六个Toa然后击败Roodaka与所有六个元素的力量。然而，这有一个副作用，释放Makuta，因为Roodaka携带了他的监狱的碎片。托亚人因此而击杀了她。被基顿古恢复后，托亚梅特鲁将玛托兰带到了一个新的岛屿。当他们牺牲自己的力量来唤醒马托兰人时，他们变成了图拉加，后来在这个岛上建立了新的村落，叫做马塔努伊。
2006年--厄运岛
Toa Nuva得知Mata Nui不仅睡着了，而且奄奄一息。为了救他，他们必须前往沃亚努伊岛，寻找神秘的生命面具Kanohi Ignika。Toa Nuva开始了这次冒险，但很快就被六个新的强大的敌人Piraka俘虏了。Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak, and Avak.他们为了自己的黑暗目的寻找面具。当托亚人未能返回时，一群六名马托兰人追随他们。Jaller，Hahli，Hewkii，Nuparu，Kongu，和Matoro逃到岛上的Toa罐，但当他们旅行，从红星的照明螺栓将他们转化为Toa Inika。在他们的到来，他们学习的Piraka和他们如何奴役当地的Matoran假托亚，为了使Matoran建立他们的堡垒。在一个小的Matoran抵抗组织和古老的守护者Axonn的帮助下，Toa Inika能够释放Toa Nuva，找到面具神庙，并与Piraka以及其他生物守护它的战斗。他们最终带着卡诺希取得了胜利。但生命面具拥有自己的意志，在最后时刻避开了他们所有人，冲进了大海深处。
2007年--黑暗之海
在追寻生命面具之后，托亚伊尼卡人从一个不知名的马托兰人那里得到了"拯救沉城"的神秘线索后，下到了水里，他以自己因减压病死亡为代价，将哈赫利从溺水中救了出来[14]，生命面具的一阵能量让托亚伊尼卡人变成了会水的形态。他们发现了一个有人居住的Mahri Nui村，这个村子在一千年前从Voya Nui脱离并沉没。这个村子受到被称为Barraki的古代军阀的威胁，这些军阀已经被附近被称为"坑"的突变水所变异。现在被称为"Toa Mahri"的托亚人为了生存，与Barraki对峙。然而，当托亚人取回面具的时候，大神已经死了。托亚马托罗意识到还有希望，于是赶到宇宙核心，牺牲自己的生命来复活玛塔努伊。在生命的最后时刻，托亚玛托罗利用面具的力量将托亚玛赫里人传送回玛特鲁努伊，让他们重新呼吸空气。大神的命是保住了，但他还是要被唤醒。
2008年--最后一战
在被阿尔塔卡赐予新的盔甲和武器后，托阿努瓦人来到了宇宙的核心--卡达努伊。在那里，他们遇到了马库塔，他们试图将Av-Matoran--光明的Matoran--的人口变成阴影的Matoran。托亚努瓦的到来帮助了托亚努瓦，因为影子水蛭的攻击，现在能够控制光和影子，而托亚伊格尼卡则是生命面具本身。卡诺希-伊格尼卡因为希望见识一下作为生命体的滋味，所以为自己制造了一具身体。在它们的合力下，它们到达了卡达努伊中心的一个名为"Codrex"的结构，托亚伊格尼卡不得不牺牲自己的新身体来唤醒玛塔努伊。塔卡努瓦在剩余未被腐蚀的阿夫-马托兰的帮助下，将影子马托兰恢复到以前的状态。不久之后，在玛塔努伊觉醒引起的能量风暴摧毁他们之前，托亚人逃出了核心。然而，马库塔人却未能逃脱，全部被杀死。回到Metru Nui，Mata Nui的觉醒被庆祝，但庆祝被切断，当它被发现，Teridax已经接管了Mata Nui的身体，揭示了Matoran的宇宙。他将玛塔努伊的灵魂困在生命面具中，将其送入太空，使前大神无法干扰他对宇宙的控制。
2009年--传奇重生
在Mata Nui被Makuta Teridax从身体里放逐出来后，Bionicle的故事还在继续，来到了一个叫做Bara Magna的星球上。除了一些野生动物物种外，巴拉麦格纳是一颗贫瘠的沙漠星球，只支持很少的资源，所以星球上的每个部落都有几个被称为Glatorian的战士为他们战斗。这些资源，如食物和水，都会得到相应的分配。这个世界的村民被称为阿戈里人。阿戈里人共同组成了六个不同的部落，每个部落隶属于一个地区。生命面具降落在巴拉麦格纳后，它创造了一个身体给Mata Nui使用。然后，Mata Nui与几个Glatorian联手打败了Skrall和Bone Hunters这两个对村庄有重大威胁的联合部队，并寻找回到身体的方法。在新的格拉托里安和阿戈里朋友的帮助下，他揭露了一个被称为梅图斯的叛徒，并击败了斯克拉尔和猎骨者。他帮助世界上的村落团结起来，把所有的机器人巨块，连接成一个大型的机器人原型体，这个身体就像Matoran宇宙所居住的身体。
2010年--旅程的终点
打败了斯克拉尔，看到其余的村落联合起来后，马塔努伊站在了泰瑞达克斯的挑战下，从泰瑞达克斯那里夺回了自己的旧身体。他了解到，他是由伟大的众生在Spherus Magna星球上创建的，现在分为一个丛林月球（Bota Magna），海洋月球（Aqua Magna），和剩余的沙漠星球（Bara Magna），作为核心战争的结果。Mata Nui还了解到，在他被建造之前，有一个以前的机器人，阿戈里人把它作为他们的家。一个名叫Tarduk的Agori帮助Mata Nui，向他展示了一个古老的电源，可以为旧的机器人供电。
在这最后的旅程中，有两位英雄回来完成战斗。Tahu, returned to his original form to wear the powerful Golden Armor, 还有Takanuva. They areided by Gresh.他们是由格雷什协助。他们打掉Skakdi军阀，Nektann击败Makuta，和他的军队;成群结队的Rahkshi，武装与热视觉;和Skrall。
故事还在继续，玛托兰宇宙和格拉托里安两方势力面对斯卡迪、拉赫克希和斯克拉尔的冲击，来势汹汹。被马库塔轰击散落的金色盔甲被塔胡、格雷什和塔卡努瓦从众多敌人中收集起来。Tahu击败Skakdi军阀Nektann，然后穿上盔甲，它将巴拉麦格纳上的每一个Rahkshi Kraata焚化。
Teridax声称，他将摧毁Bara Magna与引力能量，直到Mata Nui迫使他的手臂向上，使Teridax发送的能量波到上面的卫星。Mata Nui将Teridax推回到一个冲撞的卫星，Bota Magna的绿色卫星，其影响破坏他的核心处理器，这杀死Teridax。然后，Mata Nui哀悼的兄弟，他可以有，在他的心中。
最后的结局是，Mata Nui使用他的力量，以及生命面具的力量，将Spherus Magna再次聚集在一起，治愈那些被Pit Mutagen变异的人，将生命带回地球，并重建被破坏的地理特征。应变导致他的动力核心消散，摧毁了机器人的原型。当Glatorian和Toa发现Ignika毫发无损的位置，Mata Nui，Mata Nui说话，他们从生命面具内。他告诉他们，未来是他们自己和他们的建设。然后，他仍然休眠在Ignika。Agori、Matoran、Toa、Glatorian和所有其他人在Spherus Magna上开始了新的生活。
仿生学的未来
Bionicle玩具线在2009年末，2010年的套装最终确定发布后就结束了，并在2010年夏天被与Bionicle套装兼容的乐高主题Hero Factory所取代。但尽管如此，这个故事仍在BIONICLEstory.com上由Greg Farshtey撰写的连载中继续。
