巴耶尔萨州州长职位
乔纳森于1998年加入人民民主党(PDP),开始了他的政治生涯。曾任巴耶尔萨州副州长的乔纳森接替了州长迪普雷耶-阿拉米耶西格,后者在英国被指控洗钱后被巴耶尔萨州议会弹劾。2006年9月,乔纳森的妻子被国家反犯罪机构--经济和金融犯罪委员会(EFCC)以与洗钱有关的罪行起诉。
总统竞选
2006年12月,乔纳森被选为奥马鲁-亚拉杜瓦的竞选伙伴,参加2007年4月的人民民主党总统选举。2007年4月20日,在总统选举前不久,发生了一起武装分子的暴力袭击事件。警方说,有人试图杀死乔纳森。然而,这最终没有发生。
副总统职位
在人民民主党赢得选举(一些人认为选举不公平)之后,武装分子于5月16日炸毁了乔纳森在巴耶尔萨州奥图-埃克的乡村住宅;两名警察在袭击中丧生。乔纳森当时不在那里。
代理主席
奥马鲁-亚拉杜瓦总统于2009年11月23日离开尼日利亚去接受治疗。他没有制定任何人接替他的职责的计划。2010年1月13日,一家联邦法院授予副总统乔纳森在总统持续缺席的情况下执行国家事务的权力。2010年1月22日,尼日利亚最高法院裁定,联邦执行委员会有14天时间决定亚拉杜瓦总统是否 "没有能力履行其职责"。在2010年2月的一次全国性讲话中,乔纳森呼吁所有尼日利亚人抛开宗教和种族差异,为共同利益而努力。乔纳森说:"最近发生的事件考验了我们作为一个民主国家的集体决心,""我很高兴地知道,我们的国家已经表现出坚韧不拔和团结一致的目标。
2010年2月9日,参议院决定将总统权力交给副总统。他被任命为代理总统,拥有所有附带的权力,直到亚拉杜瓦完全恢复健康。反对派律师和立法者称这种权力转移是 "无字政变"。尼日利亚宪法要求总统以书面形式说明他无法任职,或由内阁派医疗小组对他进行检查,但这一规定显然没有得到履行,这使人们对这一行动的合宪性产生怀疑。