荧光显微镜是一种利用荧光和磷光来研究有机或无机物质的光学显微镜。"荧光显微镜 "是指任何使用荧光来制作图片的显微镜。这适用于无论是比较简单的设置还是比较复杂的设计。

大多数荧光显微镜，特别是那些用于生命科学的荧光显微镜，都是图中所示的外延式荧光设计。激发波长的光通过物镜照亮标本。标本发出的荧光被聚焦到检测器上。二向分光镜作为一个特定波长的过滤器，将荧光透射到目镜或检测器上，但将任何剩余的激发光反射回光源。