埃弗顿在1878年以圣多明戈俱乐部的名字开始。起初,它只为去圣多明戈教堂的人服务,但由于很多人感兴趣,他们也让当地的人加入。一年后,俱乐部改名为埃弗顿足球俱乐部,以该地区命名。埃弗顿足球俱乐部的第一场比赛是在1879年对阵一支叫做圣彼得的球队。埃弗顿以6比0获胜。
埃弗顿在1886/87赛季进入足总杯。他们在第一轮比赛中被流浪者队1-0击败。随着足球在英格兰越来越受欢迎,各俱乐部意识到他们需要一个有组织的联赛。1888年,足球联盟成立了。埃弗顿是12个创始成员之一。普雷斯顿北区赢得了前两个联赛,埃弗顿在1891年赢得了第三个联赛。他们在1905年赢得了他们的第二个奖杯,足总杯,但直到1916年才赢得另一个奖杯。直到1927年,埃弗顿才迎来了他们的第一个长期成功期。1925年,他们签下了迪克西-迪恩,1927年,他在39场比赛中打进60球,创造了新的世界纪录,并带领埃弗顿获得了另一个联赛冠军。1930/1931年,埃弗顿被降级,或被送入第二级联赛。在一年之内,他们再次升级,而且除了1950/51年(导致三个赛季都在第二级别),俱乐部此后再也没有降过级。这使他们成为在英格兰足球顶级联赛中连续赛季最多的球队,除了自1919/20年以来一直在顶级联赛中的阿森纳。
埃弗顿的第二个成功时期是在1961年之后,当时哈里-卡特里克被授予经理的职位。在卡特里克执教期间,埃弗顿在1961年至1970年间赢得了两个联赛冠军和四个杯赛冠军。然而,这种成功并没有持续下去,在三年的低级联赛结束后,卡特里克辞去了他的工作。在20世纪70年代剩下的时间里,俱乐部完成了中游或中游的位置,有一系列不成功的经理。1981年,俱乐部任命霍华德-肯德尔为新任经理。他扭转了埃弗顿的局面,并最终成为俱乐部历史上最成功的经理,在1981年至1987年间赢得了两个联赛冠军和三个杯赛冠军。这个时代也给埃弗顿带来了唯一的欧洲奖杯,即1985年的优胜者杯。在半决赛中,埃弗顿以3-1击败德国冠军拜仁慕尼黑,这场比赛被评为古迪逊公园有史以来最伟大的比赛。决赛中,埃弗顿又以3-1战胜了维也纳快速队,为他们赢得了欧洲优胜者杯冠军;这是他们迄今为止的第一个也是唯一一个欧洲冠军。
1985年,在比利时Heysel的一个体育场,人群开始打斗,几名利物浦和39名尤文图斯球迷死亡。欧足联决定,利物浦球迷应负主要责任。正因为如此,在1991年之前,所有英国俱乐部都不被允许与欧洲球队比赛。这使埃弗顿失去了卫冕欧洲冠军的机会,球队逐渐解体,将许多最好的球员卖给其他欧洲俱乐部。俱乐部在90年代初做得不是很好,几乎两次降级并经历了很多资金问题。然而,当新的英格兰超级联赛于1992年开始时,他们仍然成为首批成员之一。他们在一个叫乔-罗伊尔的经理的带领下取得了相当大的成功,他在1994年接手。在他执教的第二个赛季,他使埃弗顿避免了降级,并赢得了足总杯,这是俱乐部7年来的第一个奖杯。在罗伊尔的带领下,俱乐部有了稳定的进步,在1996和1997赛季分别获得了第6和第7名。
然而,两个赛季后,俱乐部的表现走下坡路,肯德尔在1998/99赛季仅勉强避免降级后就被解雇了。前球员沃尔特-史密斯接管了三个赛季,但表现不佳,花了很多钱却没有让球队在联赛中取得好成绩。大卫-莫耶斯在2002年接手,是俱乐部迄今为止最成功的经理之一。在他的管理下,俱乐部已经成为一个常规的前10名球队,在2005年获得第4名,这是他们有史以来最高的英超联赛成绩。
在他的管理下,韦恩-鲁尼被带入一线队,他很快以2700万英镑的价格被卖给了曼联,创下了俱乐部的收费记录。自2005年以来,埃弗顿经常获得前8名,并在2007年进入欧洲杯的16强,在2009年进入足总杯决赛。