一开始,庞培说他只要把脚踩在意大利的土地上,就能打败凯撒,兴师动众,但在公元前49年春天,凯撒越过卢比孔,他的军团席卷了半岛。庞培放弃了罗马,带着他的军团南下向布伦迪辛姆进发。庞培打算集结他的军队,在东部对凯撒发动战争。庞培和元老院都没有想到要把庞大的国库带走,可能是认为凯撒不敢据为己有。当凯撒和他的部队进入罗马时,它被留在了萨图恩神庙里。
庞培在布伦迪辛姆勉强逃出凯撒的手掌心,越境进入伊庇鲁斯。在那里,在凯撒的西班牙战役中,庞培在马其顿集结了一支庞大的部队,有九个军团加上来自东部罗马盟友的特遣队。他的舰队控制了亚得里亚海。尽管如此,凯撒还是在公元前49年11月成功越境进入伊庇鲁斯,并占领了阿波罗尼亚。
庞培与凯撒在迪尔哈希姆战役(公元前48年)中交战,凯撒损失1000人,庞培损失2000人。由于在凯撒战败的时刻没有追击,庞培丢掉了消灭凯撒小得多的军队的机会。正如凯撒自己所说:"今天敌人会赢,如果他们有一个胜利者的指挥官的话"(Plutarch,65)。
据苏埃托尼乌斯说,就在这时,凯撒说"那个人(庞培)不知道如何赢得战争"。在凯撒的支持下,以庞培为首的保守派逃往希腊。公元前48年,凯撒和庞培在法尔萨鲁斯战役中进行了最后的决战。双方的战斗都很惨烈,虽然由于人数上的优势,庞培有望获胜,但凯撒的老兵们出色的战术和超强的战斗能力,使凯撒获得了胜利。庞培在米蒂利尼岛上见到了他的妻子科妮莉亚和儿子塞克斯图斯-庞培。他就想知道下一步该去哪里。他跑到了埃及。
庞培到埃及后,年轻国王托勒密十三世的顾问们决定了他的命运。当庞培在近海等待的时候,他们在凯撒已经前往埃及的途中,争论着给他提供避难所的代价;国王的太监波提努斯胜出。根据普鲁塔克的说法,柯内莉亚在三层楼里焦急地看着庞培带着几个战友乘小船离开,前往埃及岸边的欢迎会。庞培下船时,被听从波提努斯命令的人刺死。
庞贝在59岁生日后一天去世。他的尸体留在海岸线上,由他忠诚的自由人菲利普在一艘渔船的烂木板上火化。他的头颅和印章被呈献给了凯撒,据普鲁塔克说,凯撒对这个侮辱他昔日盟友的伟大之举表示哀悼。凯撒惩罚了他的刺客和他们的埃及同谋,把阿基拉斯和波提努斯都处死了。庞培的骨灰最终被送回了科内莉亚,她把骨灰带到了他在阿尔巴附近的乡间别墅。
卡西乌斯-迪奥用怀疑的态度描述了凯撒的反应。他认为庞培自己在政治上的错误判断,而不是背叛,是他倒台的原因。在阿皮安对内战的描述中,凯撒让人把庞培的断头埋在亚历山大,埋在为新的女神尼米西斯神庙预留的土地上。尼米西斯(~fate)的神职包括惩罚傲慢(pride)。对于普林尼来说,庞培最后的屈辱与他的超大画像头形成了鲜明的对比,他的画像头上镶嵌着珍珠,并在他最伟大的凯旋时被抬着游行。