当不同位点的等位基因不是随机分离时，就会发生遗传联系。孟德尔第二定律由此被打破。
当基因在同一条染色体上时，它们就会联系在一起。它们在减数分裂过程中往往保持在一起。不同染色体上的基因的等位基因通常不相连，因为在减数分裂过程中染色体的独立排列。
在减数分裂过程中，当染色体分离时，会有一些DNA的交叉。所以，同一条染色体上的等位基因可能会被分离，并进入不同的子细胞。如果等位基因在染色体上相距较远，发生这种情况的概率较大，因为它们之间发生交叉的可能性较大。两个基因之间的相对距离可以用生物体的后代表现出两个相连的遗传性状来计算。记下两个性状不同时出现的子代的百分比。表现出两种性状的后代的百分比越高，说明两个基因在染色体上的距离越近。
这是第一个用于绘制染色体上基因图谱的技术。通过计算重组体的数量，可以得到基因之间距离的测量方法。这种距离称为基因图谱单位(m.u.)，或称厘米，定义为每100个减数分裂产物中有一个是重组体的基因之间的距离。重组频率(RF)为1％，相当于1个m.u.，通过寻找存在于同一染色体上的若干性状之间的图谱距离来建立联系图谱，理想的情况是避免性状之间的显著差距，以避免多次交叉的可能性。