袭击发生后,美国将责任归咎于"基地"组织,美国认为基地组织是一个恐怖组织。美国总统布什说,他将发动一场"反恐战争"。他的意思是,美国今后将做更多的事情来试图阻止恐怖主义。布什说,这是为了保护美国人和他们的财产不受恐怖分子的侵害。比如,美国政府将进行改组。加强公共场所的安全和控制,尤其是机场。每天都会告诉美国人是否有严重的恐怖主义威胁。(这是通过给一天的颜色来实现的。红色代表高风险,绿色代表低风险,中间还有很多等级)。)
反恐战争还导致了真正的战争。基地组织领导人乌萨马-本-拉登住在阿富汗伊斯兰酋长国。美国告诉阿富汗政府,即塔利班,把本-拉登交给他们。塔利班不会这样做。塔利班领导人穆罕默德-奥马尔毛拉要求看到美国政府的证据。如果不给证据,奥马尔毛拉说,他不会交出拉登。乔治-布什总统说,他不需要提供证据。美国于是对阿富汗发动了战争。塔利班被赶下台,新政府上台,阿富汗人民选出了新总统。
在这种情况下,美国政府在一些方面发生了变化。美国交通部(DOT)成立了运输安全管理局(TSA)。在9/11之前,美国机场的安全是由航空公司提供的。TSA将提供机场安全保障作为政府的工作。TSA雇佣了新的官员在机场工作,并作为空警在飞机上飞行。TSA还在美国火车和地铁上提供安全保障。还成立了一个新的国土安全部。保护美国人和他们在美国境内的财产成为他们的工作。这个部门成立后,TSA从交通部转到国土安全部。
在击败塔利班后,乔治-W-布什总统认为美国应该入侵伊拉克。他认为,伊拉克帮助了包括基地组织在内的恐怖组织。他说,他有证据表明,伊拉克也在制造大规模杀伤性武器。他派国务卿科林-鲍威尔前往联合国,向他们展示了一些证据。2003年3月,美国开始入侵伊拉克。其他四个国家也参加了,包括英国、澳大利亚、波兰和丹麦)。伊拉克政府被推翻,伊拉克人民选出了一个新政府。在伊拉克没有发现大规模毁灭性武器。
2011年5月2日,美国海豹突击队击毙了"基地"组织头目乌萨马-本-拉登,他是2001年"9-11"袭击事件和其他恐怖企图的领导者。