19世纪30年代,奴隶制在美国成为一个日益分化的问题。作为一个长期反对奴隶制的人,亚当斯利用他在国会的新角色来反对奴隶制,他成为反对奴隶制的最突出的国家领导人。在一次连任胜利后,他说,他必须 "实现预言中的一天,奴隶制和战争将从地球表面被驱逐"。他在1820年的私人日记中写道。
对这个密苏里问题的讨论暴露了他们灵魂的秘密。抽象地讲,他们承认奴隶制是一种罪恶,他们不承认,并把这一切都归咎于......英国的肩膀。但是,当他们被问到这个问题时,他们在灵魂的最深处显示出对其主人地位的骄傲和虚荣。他们看不起美国人的朴素举止,因为他没有像他们那样霸道的习惯,不能像狗一样对待黑人。奴隶制的弊端之一是它玷污了道德原则的来源。它建立了对美德和恶习的错误估计:因为还有什么比这种使人类的首要和最神圣的权利取决于肤色的学说更虚假和无情呢?
1836年,部分是为了回应亚当斯一贯提出的要求在哥伦比亚特区废除奴隶制的公民请愿书,众议院实施了一项 "禁言规则",立即将任何关于奴隶制的请愿书搁置。这一规则得到了民主党人和南方辉格党人的青睐,但在很大程度上遭到了亚当斯等北方辉格党人的反对。
1836年底,亚当斯开始了一场嘲弄奴隶主和禁言令的运动。他经常试图提出反奴隶制的请愿,其方式往往引起南方代表的强烈反应。尽管禁言令仍然有效,但由他的行动和其他人试图让他安静下来所引发的讨论提出了请愿权、立法辩论权和奴隶制的道德问题。亚当斯又与禁言令积极斗争了7年,最终提出了导致其在1844年被废除的决议。
1841年,应刘易斯-塔潘和埃利斯-格雷-洛林的要求,亚当斯参加了美国诉阿米斯塔德一案。亚当斯代表起义并夺取西班牙阿米斯塔德号船的非洲奴隶到最高法院出庭。亚当斯于1841年2月24日出庭,并讲了四个小时。他的论点获得了成功;法院作出了有利于非洲人的裁决,宣布他们获得自由并返回自己的家园。