中途岛海战

日本很快就达到了第一个目标，拿下了菲律宾、马来亚、新加坡和荷属东印度群岛(现在的印度尼西亚)。这给日本提供了石油，它需要这些石油来进行更多的战争。1942年1月开始筹划第二部分的行动。然而，由于帝国陆军和帝国海军之间以及海军指挥官之间的分歧，直到1942年4月才完成计划。山本大将说，如果他的中太平洋计划不被接受，他将退出。该计划被接受了。

山本的主要目标是摧毁美国的航母部队，他认为这是太平洋战役的主要威胁。1942年4月18日的"杜立特突袭"更加剧了这种担忧。在这次突袭中，美国陆军航空兵的16架B-25"米切尔"轰炸机从"大黄蜂"号上发射，对东京和其他几个日本城市的目标进行了轰炸。这次突袭虽然在军事上并不重要，但表明美国轰炸机可以到达日本境内。这次袭击和美国航母的其他成功袭击表明，它们仍然是一种威胁。

山本认为，如果再袭击美国海军珍珠港基地，会使美国舰队全部出动作战，包括航母。但是，由于夏威夷上有许多美军的陆基飞机，他认为直接进攻风险太大。相反，他决定攻击中途岛，这是夏威夷岛链西北端的一个小环礁，距离瓦胡岛约1300英里（1100海里；2100公里）。日本人不需要中途岛，但他们觉得美国人会努力保卫它。

美国确实认为中途岛很重要。战斗结束后，他们在中途岛建立了一个潜艇基地。这意味着从珍珠港出发的潜艇可以加油并获得新的补给，这样它们就可以向西航行1200英里（1900公里）。中途岛的简易机场也被用于轰炸机对威克岛的攻击。

山本的计划。军情局行动

像二战期间大多数日本海军的规划一样，山本的作战计划非常复杂。他的计划也是基于不正确的信息。他认为"企业"号和"大黄蜂"号是美国太平洋舰队唯一可用的航母。1942年5月，在珊瑚海战役中，"列克星敦"号被击沉，"约克城"号受损严重，以至于日本人认为她已经被击沉。日本人也知道萨拉托加号在美国西海岸被潜艇的鱼雷炸毁后，正在进行维修。黄蜂号和游骑兵号在大西洋，但日本人并不确定是这样。

山本认为，美国人在过去半年中的失败已经让他们士气低落。他认为一招可以把美国舰队引向危险的境地。他把他的舰艇，特别是他的战列舰分散开来，使它们很难被发现。山本的战列舰和巡洋舰走在南云忠一副将的航母部队后面几百英里。日本的重兵水面部队会等着美军的舰艇来防守中途岛，然后将其摧毁。

计划是让长毛的航母对美军舰艇造成很大的伤害，以至于日军可以在白天对其开火。

山本不知道美国已经打破了日本海军的主要准则。山本选择将舰艇分散开来，意味着他的舰艇群都无法相互支援。比保护长毛舰队的12艘驱逐舰更大的战舰只有两艘战列舰、两艘重巡洋舰和一艘轻巡洋舰。

阿留申人的入侵

日军在阿留申群岛的攻击（AL行动）又带走了更多可以攻击中途岛的船只。许多史料曾经认为阿留申群岛的攻击是为了引开美军的佯攻。二十一世纪初的研究表明，AL行动本应与攻击中途岛同时发动。但是，由于长毛的舰艇推迟一天航行，导致AL行动在中途岛攻击前一天开始。

美国援军

为了与预计有四到五艘航母的敌人作战，太平洋地区总司令切斯特-W-尼米兹上将需要他能得到的所有美国航母。他已经拥有威廉-哈尔西副上将的两艘航母（企业号和大黄蜂号）部队。哈尔西得了牛皮癣，不得不由雷蒙德-A-斯普鲁恩斯少将接替。尼米兹还从西南太平洋地区召回了弗兰克-杰克-弗莱彻少将的部队，包括"约克城"号航母（该航母在珊瑚海遭到重大破坏）。它到达珍珠港时，正好可以起航。

不过，受损的"约克城"号并没有完全瘫痪。珍珠港海军造船厂整日整夜地工作，在72小时内，她就做好了两三个星期的战斗准备。她的飞行甲板被修补，内部框架的部分被更换，几个中队的飞机被从萨拉托加带走。飞行员们没有得到训练的时间。约克城号的维修工作甚至在她出航时还在继续。

在中途岛，到6月4日，美国海军已经驻扎了4组PBY-31飞机，用于执行远程侦察任务，并驻扎了6架新的格鲁曼TBF-1"复仇者"。复仇者是从大黄蜂的VT-8上取来的。海军陆战队有19架道格拉斯SBD"无畏者"，7架格鲁曼F4F-3"野猫"，17架Vought SB2U-3"复仇者"，21架布鲁斯特F2A-3。美国空军派出了一组17架B-17"飞行堡垒"和8架B-26"掠夺者"鱼雷机：总共126架。

日本的缺点

在一个月前的珊瑚海战役中，日军的轻型航母"正红"号被击沉，舰队航母"祖伊阁"号被三枚炸弹击中，正在干船坞中进行维修。虽然"祖伊库"号航母没有受损，但却损失了近一半的飞机，正在吴港等待新的飞机和飞行员。没有新的飞行员，因为没有人接受过训练。为了弥补损失的机组人员，使用了飞行教官。

日本最先进的两艘航空母舰都没有，南云上将因此只能拥有四艘舰队航母。加贺号和赤城号;平城号和双龙号。至少有一部分原因是由于工作过度，日本的航母自1941年12月7日以来一直在不停地作业，包括对达尔文和科伦坡的袭击。

日本主要的航母舰载机是爱知D3A1型俯冲轰炸机和中岛B5N2型，该机既可作为鱼雷轰炸机使用，也可作为轰炸机使用。但是，D3A的生产已经减少，而B5N的生产已经停止。没有一架可以替代损失。此外，1942年6月行动中使用的许多飞机从1941年11月下旬开始就一直在运行；许多飞机几乎已经破旧不堪，变得越来越不可靠。这些因素意味着木户布泰的所有航母的飞机都比正常情况下少，而且没有足够的备用飞机或零件。我日本的主力航母战斗机是快速的三菱A6M2"零"式。

日军在战前的侦查是混乱的。一行日军潜艇迟迟没有进入阵地。这让美军航母到达中途岛东北的会合点（即"幸运点"）时，没有被潜艇发现。第二次尝试侦察，在战前利用四引擎的川西H8K飞艇飞往珍珠港，看看美国航母是否在那里，但由于日本潜艇无法给飞机加油，没有成功。日本在战前并不知道美国航母在哪里。

日本的无线电确实接收到了更多美国潜艇的活动和信息。山本在战前就知道这一点，但日军的计划并没有改变。山本在"大和"号海上，以为长毛也收到了来自东京的电文，他没有发出电文，因为他不想让美国听到电文。长毛的无线电天线收不到东京发来的电文。

联军破译密码

尼米兹上将有一个优势：密码专家已经破解了日本海军的JN-25b密码。自1942年早春起,美国人就一直在破译电文, 说明很快将在目标"AF"处有一次行动。他们猜测是中途岛，并发送了一个未编码的无线电信息，说中途岛需要淡水。破译者随后接收到了一条日本人的信息，即"AF缺水了"海豹突击队还能确定攻击的日期是6月4日或5日, 并能准确地告诉尼米兹哪艘日本舰艇正在赶来.日本有了新的密码本，但好几天都没有使用。在攻击开始前不久，还没有弄清楚的新密码被使用，但重要的信息已经被弄清楚了。

美国人知道日本人将在哪里,何时,以及以何种兵力抵达中途岛.尼米兹知道,日本人把他们的舰艇分成四组,破坏了他们在舰艇数量上的优势, 所有这些舰艇都太分散了,无法相互支援。尼米兹计算了一下，他的三艘航母上的飞机，加上中途岛上的飞机，让美国与山本的四艘航母大致持平，这主要是因为美国的航母航空群比日本的航母航空群大。相比之下，日本人即使在战斗开始后，也几乎完全不知道对手的真实实力和部署。

初步空袭

6月3日9时左右，美国海军一架巡逻机在中途岛西南偏西500海里（580英里；930公里）处发现了日本占领军。3小时后，美国人在西边570海里（660英里；1060公里）处发现了日本运输队。他们发动攻击，但炸弹都没有击中，没有造成重大损失。次日清晨，日军油轮"秋野丸"号被攻击的PBY鱼雷击中。这是美军在整个战斗中唯一一次成功的空射鱼雷攻击。

6月4日4时30分，长云向中途岛发起攻击。它由36架俯冲轰炸机和36架鱼雷轰炸机组成，由36架三菱零式战斗机护航。同时，他还发动了一次防卫性战斗空中巡逻。他的8架搜索机晚了30分钟才起飞。

日本人的侦察计划很差，飞机太少，无法覆盖搜索区域。山本的决定现在已经成为一个严重的问题。

当长云的轰炸机和战斗机正在起飞时, 11架PBY飞机正离开中途岛去搜索日本船只。他们报告说看到了两艘甲板上空无一人的日本航母, 这意味着一次空袭正在路上。美国雷达在几英里远的地方发现了敌人, 而飞机被派去保卫中途岛.轰炸机前往攻击日本航母舰队。美军战斗机留下保卫中途岛。6点20分，日本航母飞机轰炸并重创美军基地。以中途岛为基地的海军陆战队战斗机飞行员，驾驶F4F和陈旧的F2A，对日军进行拦截，损失惨重。大部分美机在最初的几分钟内被击落，有几架飞机受损，只有两架能飞。共有3架F4F和13架F2A被击落。美军的高射炮火准确无误，打坏了许多日本飞机，并摧毁了4架。

在参与此次攻击的108架日机中，有11架被击毁，14架重创，29架受损。日军最初的攻击并没有摧毁中途岛。美国轰炸机仍然可以利用这个空军基地来加油 并攻击日本侵略军。中途岛的大部分陆基防御设施完好无损。如果部队要在6月7日之前上岸，就必须再次发动空袭，摧毁中途岛的防御。

以中途岛为基地的美国轰炸机对日本航母舰队进行了多次攻击。其中包括大黄蜂的VT-8的6架格鲁曼复仇者（中途岛是VT-8航空兵的第一次战斗任务，也是TBF的第一次战斗），海军陆战队侦察轰炸中队241（VMSB-241），由11架SB2U-3和16架SBD组成，再加上4架装备鱼雷的美国空军B-26，以及15架B-17。日军抵御了这些攻击。美国损失了2架战斗机、5架TBF、2架SB2U、8架SBD和2架B-26。

一架B-26在被防空火力严重破坏后，直接向赤城号飞去。这架飞机刚好错过了航母的舰桥，这可能会让长毛和他的指挥人员丧命。这可能使长毛决定再次向中途岛发起攻击，违背了山本保留反舰作战预备部队的命令。

南云的决定

南云上将保留了一半的飞机作为后备机。这两个中队是俯冲轰炸机和鱼雷轰炸机。7点15分，南云命令他的后备飞机重新装上炸弹，用于对付陆地目标。7点40分，一架从利根飞来的侦察机看到东面有一支美国海军的大部队。看来，长毛直到08：00才收到报告。长毛改变了自己的命令，但过了40分钟，托内的侦察机才终于发来无线电，美军部队中有一艘航母。这是TF16的一艘航母，另一艘航母没有发现。

长毛现在不知道该怎么办。山口田满少将建议长毛用手头的兵力进行攻击：宗龙和平龙各18架爱知D3A俯冲轰炸机，还有一半的掩护巡逻机。不过，长毛打击美军舰艇的机会现在有限。中途岛打击部队很快就会返航，需要登陆或者坠海。由于飞行甲板上的活动不断，日军并没有把预备机拿到飞行甲板上发射。准备好的几架飞机都是防御性的战斗机。发射飞机至少需要30到45分钟。如果马上发射，长毛会在没有合适的反舰武器的情况下，动用部分预备机。他刚刚看到无人护航的美国轰炸机是如何轻易被击落的。糟糕的纪律导致许多日本轰炸机摆脱了炸弹，试图与拦截的F4F战斗。日本的航母规则更倾向于全面打击，由于长毛不知道美军包括航母，所以他的应对措施遵循了日本的规则。另外，7点53分美军又一次空袭的到来，让长毛想再次攻岛。南云决定等他的第一支打击部队登陆后，再出动预备队，那时预备队已经武装起来，做好了准备。

弗莱彻的航空母舰从7点开始下水，所以攻击长毛的飞机已经在路上了。长毛对此无能为力。这就是山本计划的缺陷。

对日本舰队的攻击

美国人已经对日本人发动了他们的航母飞机。弗莱彻上将,在约克城号上指挥,并从清晨得到了PBY的目击报告, 命令尽快对日本人发动攻击。他将"约克城"号留作后备，以防发现其他日本航母。(弗莱彻对斯普鲁恩斯的指示是由留在岸上的尼米兹发出的)。

斯普鲁恩斯认为，虽然距离很远，但攻击也能成功。他在6点左右下达了发动攻击的命令。弗莱彻在完成自己的侦查飞行后，于8点从约克镇跟了过来。

指挥"约克城"特遣部队的弗莱彻上将和"约克城"的指挥官埃利奥特-巴克马斯特舰长以及他们的参谋人员都有在珊瑚海对敌军进行全面打击的经验。但他们不能把他们所学到的东西传授给奉命发动第一次攻击的"企业"号和"大黄蜂"号。斯普鲁恩斯命令飞机立即前往目标，因为摧毁敌人的航母对他的舰艇的安全很重要。斯普鲁恩斯决定尽快发动攻击，而不是协调不同类型和速度的飞机（战斗机、轰炸机和鱼雷轰炸机）进行攻击，这一点更为重要。美军中队分几个不同的小组前往目标地。他希望能找到长毛，他的飞行甲板上满是飞机。

美军航母飞机难以找到目标。由斯坦霍普-C-林司令率领的"大黄蜂"号的攻击没有飞对方向。第八航空队的俯冲轰炸机没有击中日本航母。^{[page needed]}第八鱼雷中队的飞行方向是正确的。然而,"大黄蜂"号的10架F4F已经耗尽了燃料,不得不坠入海中。瓦尔德隆的中队看到了敌人的航母，在09:20开始攻击，随后是鱼雷中队6（VT-6，来自企业号），他们的野猫战斗机护航也耗尽了燃料，不得不在09:40掉头。在没有战斗机护航的情况下，VT-8的15架TBD"毁灭者"全部被击落，未能造成任何伤害，唯一的幸存者是乔治-盖伊少尉。VT-6失去了14架毁灭者中的10架，约克城的VT-3的12架毁灭者中的10架被击落，没有命中。部分问题是马克13鱼雷的性能不佳。海军和军械局的高级军官从来没有问过为什么6枚鱼雷，在离日本航母这么近的地方释放，却没有产生任何命中率。日本战斗空中巡逻队，驾驶三菱A6M2"零"式战斗机，击落了这些没有护卫、速度缓慢、装备不足的TBD。有几艘TBD成功地靠近了敌舰，投下鱼雷，用机枪向敌舰射击。这使得日本航母不得不急转弯。TBD"毁灭者"号再也没有在战斗中使用过。

尽管他们没有获得任何命中，但美国人的鱼雷攻击使日本航母无法准备和发动自己的攻击。他们还把日本战斗空中巡逻队(CAP)拉出了阵地。同时，许多"零式"航空母舰的弹药和燃料也耗尽了。10点，鱼雷中队3（VT-3来自约克镇）从东南方向的第三架鱼雷机攻击的出现，使得日本CAP飞到了舰队的东南角。更好的纪律和为CAP使用更多的零式机，可能会使南云避免即将到来的美军攻击所造成的损失。

来自"企业"号和"约克城"号的三个SBD中队(分别为VB-6、VS-6和VB-3)正从西南和东北方向飞来。由于寻找敌人的时间太长，来自"企业"号的两个中队的燃料已经不多了。但是，中队指挥官决定继续搜索。他发现了日本驱逐舰"岚"号。它在对美军潜艇"鹦鹉螺"号进行深度冲锋未果后，正动身与长毛的航母汇合。鹦鹉螺号早些时候曾攻击桐岛号战列舰未果。攻击开始前，一些轰炸机因燃料不足而损失。

麦克拉斯基决定继续搜索，这对美军航母特混舰队和中途岛的部队有很大帮助。美军的三个俯冲轰炸机中队（VB-6、VS-6和VB-3）都在正确的时间到达了攻击地点。日军的大部分CAP都在寻找鱼雷机。武装的日军攻击机布满了机库甲板，燃料软管铺在甲板上，炸弹和鱼雷就在机库附近，使日军航母很有可能遭到破坏。

从10点22分开始，企业号航空组的两个中队分头攻击两个目标。阴差阳错，两组飞机都攻击了加贺号。中校理查德-哈尔西-贝斯特和另外两架飞机向北攻击赤城号。在近两个整机中队的攻击下，加贺被四五枚炸弹击中，造成了严重的损失，并引发了无法扑灭的大火。其中一枚炸弹落在大桥附近，大部分高级军官死亡。

几分钟后，贝斯特和两架飞机对赤城号进行了俯冲。虽然赤城号得到一次直接命中（由贝斯特中校投掷）。它击中了甲板电梯，并一直飞到上层机库甲板。在武装和加油的飞机中爆炸。另一枚炸弹在水下爆炸，炸弯了飞行甲板，造成了方向舵损坏。

约克城的VB-3在马克斯-莱斯利的指挥下，攻击了Sōryū。他们至少击中了三架，并造成了很大的损失。VT-3的目标是Hiryū，但没有被击中。

不到6分钟，宗龙和加贺就起火了。赤城号也严重受损。日本人希望"赤城"号能够获救或被拖回日本。最终，三艘航母最终都被抛弃并沉没。

日军反击

攻击了日本唯一幸存的航空母舰"平城"号。Hiryū的第一次攻击由18架俯冲轰炸机和6架战斗机护航组成。他们跟随撤退的美军飞机，对"约克城"号进行了攻击，用三枚炸弹击中了她，将甲板炸出了一个洞，熄灭了锅炉，并摧毁了几门高射炮。虽然受损，但维修队还是在一个小时内修复了飞行甲板，修好了几个锅炉。12架日军俯冲轰炸机和4架护航战斗机在这次攻击中损失殆尽。

大约一小时后,"平城"号进行了第二次攻击。美军的修理工作做得非常好，以至于日本人认为她一定是一艘不同的、没有损坏的航母。在攻击中，"约克城"号被两枚鱼雷击中；她失去了所有的动力，并出现了向左舷倾斜的现象，这使她失去了行动能力。弗莱彻上将把他的指挥人员转移到重巡洋舰阿斯托利亚号上。斯普鲁恩斯的第16特混舰队的航母均未受损。

两次袭击的消息，以及每次都击沉了一艘美国航母（实际上两次都是约克城号）的报道，极大地提高了木户布泰的士气。其少数幸存的飞机都被回收到"平城"号上，在那里他们准备对被认为是唯一剩下的美国航母进行攻击。

美国人的反击

下午晚些时候，一架"约克城"侦察机找到了平宇。企业号发动了俯冲轰炸机的攻击（包括约克城的10架SBD）。尽管Hiryū有十几架零式战斗机防守，但"企业"号的攻击还是成功了：4枚，可能是5枚炸弹击中了Hiryū，使其起火，无法操作飞机。("大黄蜂"号的攻击目标是护航舰艇，但没有命中。)在尝试控制火势无望后，留在Hiryū上的大部分船员被带下船。其余的舰队继续向东北方向航行，追赶美国的航空母舰。Hiryū号在海上漂浮了几个小时。她被"Hōshō"号轻型航母的飞机发现。这使人们希望她能被救起或被拖回日本。然而，在被发现后不久，"Hiryū"号就沉没了。山口少将选择了随船沉没，使日本失去了她最好的航母军官。

天黑下来后，双方都思考了一下形势，制定了行动计划。弗莱彻上将不得不放弃约克城号。他觉得他不能在巡洋舰上指挥。他把指挥权交给了斯普鲁恩斯。斯普鲁恩斯知道美国已经赢得了一场伟大的胜利, 但他仍然不确定还有什么日本军队。他想保护中途岛和他的航母。他在白天跟踪南云，并在夜幕降临时继续跟踪。最后，斯普鲁恩斯担心可能与日军舰艇发生夜战，并认为山本仍打算入侵，于是向东撤退。午夜时分，他又掉头向西，向敌人进发。山本决定继续攻击，并派他剩余的舰艇向东搜索美国航母。他还派出一支巡洋舰突击队轰炸该岛。由于斯普鲁恩斯决定向东撤退，日舰未能与美国人取得联系，山本下令向西撤退。

6月5日，斯普鲁恩斯虽然进行了多次搜索，但未能与山本的部队重新取得联系。临近下班时，他对长毛的航母部队的任何船只发起了攻击。这次打击没有击中山本的主力舰群。它没有击中一艘日本驱逐舰。攻击机在入夜后返回航母。斯普鲁恩斯到命令企业号和大黄蜂号打开灯光，帮助登陆。

6月5/6日晚2时15分，指挥官约翰-墨菲的"坦博尔"号在中途岛以西90海里（100英里；170公里）的水面上，为潜艇部队对战役结果做出了第二个重大贡献。看到几艘舰艇，墨菲和他的执行官小雷-斯普鲁恩斯都无法辨认它们的身份。考虑到它们可能是美军舰艇，墨菲没有开火，而是向太平洋舰队潜艇部队司令罗伯特-英格利特上将（COMSUBPAC）报告了这些舰艇。这份报告被送到尼米兹那里，尼米兹又把报告送到斯普鲁恩斯那里。斯普鲁恩斯认为这是一支入侵部队，并在中途岛东北100海里(120英里；190公里)处进行阻击。

谭伯看到的舰艇是山本派去轰炸中途岛的4艘巡洋舰和2艘驱逐舰。2时55分，这些舰艇接到山本的命令，撤走并改变了航向。在改变航向的同时，丹波尔号被发现，为了避免潜艇的攻击，毛神号和三隈号互相撞击，毛神号的舰首严重受损。损伤较轻的三隈号将速度减慢到12节（22公里/小时；14英里/小时）。这是为这次战斗而部署的18艘潜艇中所取得的最大损伤。直到4点12分，天空才亮了起来，墨菲才确定这些舰艇是日本人，这时留在水面上是很危险的，于是他潜入水中接近进行攻击。攻击没有成功，6点左右，他终于报告了两艘西行的莫甘级巡洋舰。

在随后的两天里，先是中途岛号，然后是斯普鲁恩斯号的航母发动了几次攻击。三隈号被无畏舰击沉，而茂神号则在受损的情况下幸存下来，回国维修。驱逐舰"岚尾"号和"麻生"号也在最后一次攻击中遭到轰炸和机枪射击。

约克城号由美国海军"Vireo"号拖曳。然而，6月6日下午晚些时候，I-168发射了鱼雷；两枚鱼雷击中了"约克城"号，但第三枚鱼雷击中了为"约克城"号提供动力的"汉曼"号驱逐舰并将其击沉。汉曼号断成两截，损失80人。6月7日5时后，"约克城"号沉没。

到战斗结束时，有3057名日军死亡。四艘航母上的伤亡情况是：赤城号：267人；加贺号：811人；平城号：392人；佐龙号：711人；共计2181人。三隈号重巡洋舰(被击沉，伤亡700人)和Mogami号重巡洋舰(严重受损，92人)另有792人死亡。

此外，"Arashio"号驱逐舰(被轰炸；35架)和"Asashio"号(被飞机扫射；21架)在空袭中受损，三隈号被击沉，Mogami号进一步受损。巡洋舰"筑摩"号(3架)和"利根"号(2架)失去了浮空飞机。其余23人的伤亡情况是："谷风"号驱逐舰(11人)、"岚"号驱逐舰(1人)、"风云"号驱逐舰(1人)和"赤本丸"号舰队油轮(10人)。

在取得胜利后，由于追击日舰在威克附近变得太危险，美军撤退了。斯普鲁恩斯撤到东部给他的驱逐舰加油，并与运送替换飞机的萨拉托加号航母会合。美军航母最终回到了珍珠港。历史学家塞缪尔-E-莫里森（Samuel E. Morison）在1949年写道，斯普鲁恩斯因为没有追击撤退的日本人，让他们的舰队逃跑而受到批评。克莱-布莱尔在1975年认为，如果斯普鲁恩斯跟踪山本，他将无法在夜幕降临后发射飞机，他的巡洋舰护航将被山本的更大、更强大的船只摧毁，包括拥有18英寸火炮的战列舰大和号。

6月10日，日本海军给出的战果说明并没有说明全部情况。6月15日，南云的战役报告交给了最高司令部。它只准备给日本海军和政府的最高军官。在整个战争期间，它都被严加看管。长毛表示，敌人并不知道我们的计划。日本公众和大部分军方人员，都没有被告知战败的消息。日本新闻宣布了一场伟大的胜利只有裕仁天皇和海军最高级军官被告知航母和飞行员损失的消息。陆军规划者们继续相信舰队状况良好。

6月14日，日本舰队返回桥平岛后，伤员被转移到海军医院。大多数人被称为"秘密病人"，不让其他病人及其家属知道。海军这样做是为了保守这次重大战败的秘密。剩余的官兵很快被分散到舰队的其他部队，并被送往南太平洋，大多数人在那里被杀害。联合舰队的旗手和参谋都没有受到处罚，长毛后来被安排指挥重建的航母部队。

日本海军从中途岛事件中吸取了一些教训。飞机是在飞行甲板上而不是在机库里加油和重新装备的。所有未使用的燃料管道都被排空。正在建造的新航母只有两个飞行甲板电梯和新的消防设备。更多的航母船员接受了损伤控制和消防技术的培训。在后来的战役中，正宫、日向、太行的损失表明，这方面的问题仍然存在。替补飞行员经过短期的训练，满足舰队的短期需要。这导致了培训质量的下降。这些没有经验的飞行员被派往前线部队，而中途岛和索罗门群岛战役后留下的老兵则被不断地保留下来飞行。因此，日本海军航空队在战争期间质量下降。

战争罪

三名美国飞行员，韦斯利-奥斯莫斯少尉（飞行员，约克城号）、弗兰克-奥弗莱厄蒂少尉（飞行员，企业号）和航空机械师大副B.F.（或B.P.）布鲁诺-盖多（奥弗莱厄蒂的SBD的无线电炮手）在战斗中被日军俘虏。奥斯莫斯被扣押在"岚"号上，奥弗莱厄蒂和盖多被扣押在"长良"号巡洋舰（或称"牧云"号驱逐舰，来源不一）上，后被击毙。O'Flaherty和Gaido在战后几天被绑在装满水的五加仑煤油罐上倾倒在海里。

中途岛战役被称为"太平洋的转折点"。然而，即使在中途岛战役之后，日本人仍然试图在南太平洋获得更多的领土。直到又经过几个月的艰苦战斗，美国才成为更强大的海军。中途岛战役是盟军对日军的第一次重大胜利。

然而，它本身并没有改变战争的进程。是珊瑚海战役和中途岛战役的综合影响，削弱了日本进行重大攻击的能力。此外中途岛战役还帮助美国在瓜达尔卡纳尔岛登陆成为可能。所罗门群岛战役的长期消耗战（一种双方都试图消磨对方的战役）使盟军在太平洋战争的余下时间里采取了进攻态势。最后，中途岛为美国争取了时间，直到1942年底第一艘新的埃塞克斯级舰队航母上市。

这场战役也显示了战前海军密码破解和情报收集的价值。这些努力在太平洋和大西洋战区都在继续。有许多成功的案例。海军密码破译使击落山本将军的飞机成为可能。

一些作者说，中途岛航母和老牌机组人员的重大损失永久地削弱了日本帝国海军。然而，帕肖尔和塔利却表示，老牌航空兵的损失虽然惨重（110人，仅占四艘航母上搭载的航空兵的25%以下），但对日本海军航空兵整体而言，并没有那么严重。太平洋战争开始时，日本海军有2000名航母合格的航空兵。中途岛战役后的几个月，日本海军航空兵在东索罗蒙岛战役和圣克鲁斯战役中都出现了类似的伤亡率。正是这些战役，加上索罗门群岛战役中老兵的不断死亡，削弱了日本的实力。但是，4艘大型舰队航母的损失，以及航母上40%以上的飞机技师和技术人员，再加上飞行甲板上的人员，对日本航母舰队的伤害非常大。战役结束后，翔鹤号和宙斯盾号是原珍珠港打击力量中仅剩的可用于进攻行动的大型航母。在日本的其他航母中，太行号是唯一能与翔鹤号和宙宙号配合的舰队航母，而龙城号、纯阳号和日向号，则是二流舰艇。到了菲律宾海战的时候，虽然日军对航母部队进行了一定的重建，但飞机都是由没有经验的飞行员驾驶的。

在日本建造三艘航空母舰的时间里，美国海军服役了二十多艘舰队和轻型舰队航空母舰，以及众多的护航航空母舰。到1942年，美国已经进行了三年的造船计划，其目的是使海军规模超过日本。更多的美国海军飞行员在1942年的中途岛战役和随后的战斗中幸存下来，再加上不断增长的飞行员训练计划，美国拥有了许多熟练的飞行员。

山本不知道美国已经打破了日本海军的主要密码（JN-25）。这让美国舰队在正确的时间去了正确的地方。

山本为了保守进攻的秘密，分散兵力，但这意味着他的阵型不能互相帮助。比如说，长毛的舰队没有什么大船。在航母飞机实施打击的时候，航母相对不设防。相比之下，山本和近卫的船队的大船较多，都没有在中途岛看到任何行动。他们与长毛的航母的距离也意味着他不能使用他们的侦察机，所以他对发生的事情知之甚少。