阴道菌群或微生物群是指微小的微生物，是女性健康生殖器官的一部分。人类有许多非常小的生物体，是人体的正常组成部分。这些微生物只有在显微镜下才能看到。这些生物体是细菌和真菌。几乎所有的细菌和真菌都不会引起疾病，但在体内或体外有它们仍然是正常的。
这些小微生物被研究人员称为微生物群。胃、皮肤、口腔、眼睛里都有微生物群，阴道里也有微生物群。人类的微生物群有助于阻止其他细菌引起的感染。阴道微生物群有助于保持阴道的健康。它们有助于防止由其他细菌引起的感染。导致疾病或感染的细菌被称为病原体。正常的阴道微生物群能阻止病原体的生长。
当女性因为阴道有液体流出而看医生时，医生可能会给女性做细菌病原体检测。病原体会生长得太快。它们可以比正常健康的阴道微生物群生长得更快。感染会使液体从阴道中流出。这就是所谓的阴道分泌物。一种能使阴道不生病的好的健康细菌叫做乳酸菌。还有其他好的细菌，可以保持阴道的健康。他们的一些名字是。Peptoreptococcus, Propionibacterium, 和Actinomyces.
如果女性感染了性病，就会改变阴道微生物群。健康的阴道微生物群不能阻止或治愈性传播疾病。
