隐孢子虫是一种原生动物寄生虫，会导致腹泻的爆发。

隐孢子虫的一些种类可以感染哺乳动物。感染人类的最常见物种是副隐孢子虫。腹泻在儿童和免疫系统被削弱的人中可能变得严重。它经常出现在有腹泻的艾滋病患者身上。在健康的成年人中，这种感染通常是短暂的。

在实验室中很难识别。在显微镜下可以看到卵细胞，但它们可能会被混淆。大多数隐孢子虫的大小为3-6μm，但一些报告描述的细胞更大。新的实时监测可以比老的抽样测试和批量测试方法更好地检测隐孢子虫。

如果怀疑水中有隐孢子虫，最安全的选择是将用于饮用的水煮沸。