反应机理是一步一步地写出一个化学反应是如何进行的。通常情况下，在一个反应中只能看到整体的变化。在这中间产生的东西反应太快，无法看到。这些被称为中间物，在从一个中间物到另一个中间物的过程中，要跨越一个过渡状态。然而，重要的是要了解使整个变化的所有步骤。这是因为这样人们就可以理解更难的反应，或试图使反应以某种方式进行。

有许多类型的反应机制。在有机化学中，比较常见的是亲核取代、消除和加成。人们有时会用箭头推动来画出电子在反应过程中的移动情况。这使得人们很容易看到在这个过程中哪些键被形成，哪些键被破坏。