第二舰队是第二批被派往澳大利亚杰克逊港悉尼湾殖民地的船只的名称,这些船只载有定居者、囚犯和物资。该舰队有六艘船:一艘皇家海军护卫舰、四艘囚犯船和一艘补给船。

这些船本应一起驶向澳大利亚,并在1789年到达悉尼湾。然而,护卫船在途中失事,没有到达,一艘囚犯船被耽搁,在其他船只到达后两个月才到达。

第一船队不同的是,第二船队是由私人企业经营的,他们把犯人关在可怕的条件下。当他们到达悉尼时,这些生病的囚犯对已经陷入困境的殖民地来说是一种消耗。