一开始，穆罕默德-阿里代表奥斯曼帝国苏丹马哈茂德二世在阿拉伯和希腊发动战争。后来，他与奥斯曼帝国发生了公开冲突。
他的第一次军事行动是对阿拉伯半岛的远征。麦加和麦地那这两个圣城被沙特家族占领，沙特家族信奉伊斯兰教，称为瓦哈比教。穆罕默德-伊本-沙特家族带着他们新的宗教热情，开始征服阿拉伯的部分地区。
由于奥斯曼帝国的主力军队在欧洲忙得不可开交，马哈茂德二世转而要求穆罕默德-阿里重新夺回阿拉伯领土。穆罕默德-阿里又任命他的儿子图孙-帕夏于1811年率领一支军事远征队。这次战役在阿拉伯被逆转；但在1812年又发动第二次进攻，夺回了海贾兹.p43-44经过两年的战役，沙特人被击溃，沙特家族的大部分人被俘。家族领袖阿卜杜拉-伊本-沙特被送往伊斯坦布尔，并被处决。 p48
穆罕默德-阿里接下来将注意力转向了自己设计的军事行动，首先是苏丹，他认为苏丹是他的领土、黄金和奴隶的宝贵补充。当时的苏丹没有真正的中央政权，在部落内斗中使用原始的武器。
1820年，穆罕默德-阿里派遣了一支5000人的军队，由他的第三个儿子伊斯梅尔指挥，南下进入苏丹，意图征服该地，使其臣服于他的权威。 p51 1821年，阿里的军队进入苏丹，但遇到了激烈的抵抗。最终，埃及军队和火器确保了苏丹的征服。阿里现在有了一个前哨，他可以从这里向埃塞俄比亚的尼罗河源头和乌干达扩张。他的政府从苏丹俘虏了奴隶，然后把他们编成了一个步兵团的士兵。阿里在苏丹的严酷统治，以及他的直接继承者们的统治，最终导致了1881年自称马赫迪的穆罕默德-艾哈迈德的民众独立斗争。
在穆罕默德-阿里将自己的权力扩展到非洲的同时，奥斯曼帝国在其欧洲领土上也面临着民族叛乱。希腊人反对奥斯曼帝国统治的叛乱始于1821年。奥斯曼帝国军队未能镇压叛乱，民族暴力事件一直蔓延到君士坦丁堡。苏丹马哈茂德二世向穆罕默德-阿里提供克里特岛，以换取他对镇压叛乱的支持。
穆罕默德-阿里派出16000名士兵、100艘运输船和63艘护航船，由他的儿子易卜拉欣-帕夏指挥。英、法、俄三国出面保护希腊人。1827年10月20日，在纳瓦里诺，埃及海军全军被海军上将爱德华-科丁顿（1770-1851）指挥的欧洲联军舰队击沉。穆罕默德-阿里失去了他那支能干的、昂贵的海军。由于舰队被摧毁，埃及没有办法支援其在希腊的部队，被迫撤退。最终，这场战役使穆罕默德-阿里付出了无功而返的海军代价。
为了弥补他和埃及的损失，征服叙利亚的行动开始了。与之前埃及的其他统治者一样，阿里希望控制黎凡特，既是为了其战略价值，也是为了其丰富的自然资源。叙利亚不仅拥有丰富的自然资源，还拥有繁荣的国际贸易社会，整个黎凡特地区市场发达。它将成为埃及现在生产的商品的俘虏市场。也许最重要的是，叙利亚作为埃及和奥斯曼苏丹之间的缓冲国是可取的。
建立了一支新的舰队，组建了一支新的军队，1831年10月31日，在易卜拉欣-帕夏的指挥下，埃及人入侵叙利亚，开始了第一次土埃战争。埃及人轻而易举地占领了叙利亚的大部分地区。最强大也是唯一真正意义上的抵抗是在港口城市阿克里进行的。埃及军队经过6个月的围攻，最终夺取了这座城市。在围城过程中，埃及本土的动荡加剧。阿里为了支持他的战役，被迫对埃及进行越来越多的挤压，他的人民也对增加的负担感到不满。
阿克里陷落后，埃及军队向北进军安纳托利亚。在科尼亚战役(1832年12月21日)中，易卜拉欣-帕夏(Ibrahim Pasha)酣畅淋漓地击败了由大维士雷希德-帕夏(Reshid Pasha)率领的奥斯曼军队。现在，易卜拉欣的军队与君士坦丁堡本身之间没有军事障碍。
在整个运动过程中，穆罕默德-阿里仔细观察着欧洲列强。他担心再次干预会使他的所有成果付之东流，因此他缓慢而谨慎地进行。例如，他在新夺取的领土上继续在星期五祈祷时使用苏丹的名字。他 繼 續 流 通 鄂 圖 曼 的 硬 幣 ， 而 不 是 發 行 印 有 其 形 象 的 新 硬 幣 。 p111 只 要 穆 罕 默 德 亞 里 的 行 動 沒 有 威 脅 到 鄂 圖 曼 國 家 的 完 全 崩 潰 ， 歐 洲 列 強 便 會 被 動 地 觀 察 。
尽管有这样的表现，但穆罕默德-阿里现在的目标是除掉现在的奥斯曼帝国苏丹马哈茂德二世，用苏丹的儿子、幼年的阿卜杜勒梅西德取而代之。这种可能性使马哈茂德二世非常震惊，他接受了俄国的军事援助提议。这导致了《胡安卡伊斯凯莱西条约》的签订。 第72页 俄国的收获让英法两国政府感到失望，于是他们努力通过谈判解决问题。1833年5月﹐簽訂了《庫塔希亞公約》。
和谈条件是阿里从安纳托利亚撤军，并得到克里特岛和赫贾兹的领土作为补偿。易卜拉欣-帕夏将被任命为叙利亚的瓦利。然而，和平协议没有给予穆罕默德-阿里一个独立的王国，使他欲罢不能。 p122
