Robert E. Lee

1860年亚伯拉罕-林肯的当选引起了几个州的分离以示抗议。这使李处于一个困难的境地。新成立的美利坚合众国联盟国向李提供准将军衔。李没有对这一提议作出回应。温菲尔德-斯科特向他提供了美国志愿军的指挥权。他也没有回应这个提议。1861年4月12日至14日期间，美国军队在南卡罗来纳州查尔斯顿的萨姆特堡遭到轰炸。同一天，弗吉尼亚州脱离了联邦。李不支持分离，但他不能与自己的弗吉尼亚州作战。1861年4月22日，李在阿灵顿宫辞去了他的美国陆军职务。他告诉他的朋友，他不会参与对南方的入侵。几天后，他接受了所有弗吉尼亚部队的指挥权。

起初，李没有在战斗中指挥任何士兵。相反，他帮助联邦总统杰斐逊-戴维斯做出军事决策。1862年，他成为北弗吉尼亚军的指挥官。他将在战争余下的时间里领导这支军队。他将赢得许多战斗，尽管战斗中的联邦军队拥有更多的人员和武器。在葛底斯堡战役中，他试图入侵联邦，以结束战争。但他的军队被打败了，他不得不退回到弗吉尼亚。

1864年和1865年期间，李在弗吉尼亚州与联邦将军尤利西斯-格兰特作战。1864年底和1865年初，李和格兰特在弗吉尼亚州里士满附近进行了一系列被称为 "彼得堡围攻 "的战斗。1865年4月，格兰特迫使李从里士满撤退。经过一系列的战斗，格兰特在阿波马托克斯法院附近包围了李，并迫使李投降。在投降前，他说 "我宁可死一千次也不投降"。

"我被排除在Ulto第29号公告中的大赦和赦免条款之外；我在此申请福利，并完全恢复其条款中包含的所有权利和特权。我于1829年6月毕业于西点军校。1829年6月毕业于西点军校。61年4月辞去美军职务。曾是联邦军队的一名将军，并在65年4月9日参加了北弗吉尼亚州军队的投降。"

1865年10月2日，李成为弗吉尼亚州华盛顿学院的院长。同一天，李按照约翰逊总统的要求签署了他的大赦誓言。但李没有被赦免，他的公民身份也没有恢复。

一百多年后，他的特赦誓言在国家档案馆被发现。美国国务卿威廉-西华德（William H. Seward）似乎将申请书交给了一位朋友作为纪念品保存。国务院对李的申请置之不理，从未批准。在美国国会1975年的一项联合决议中，李作为公民的权利被恢复，生效日期为1865年6月13日。该法案于1975年8月5日由杰拉尔德-R-福特总统签署成为法律。

李于1870年9月28日中风，于1870年10月12日去世。华盛顿学院为了纪念李，将其名字改为华盛顿和李大学。李的生日在南方几个州被作为节日来庆祝。