1947年至1952年，巴基斯坦总督是英王乔治六世在巴基斯坦的常驻代表，1952年至1956年巴基斯坦宣布成立共和国前，总督一直是女王伊丽莎白二世（"巴基斯坦女王"）。
当巴基斯坦于1947年成为一个独立、自治的国家时，它与独立后的印度一样，暂时继续使用1935年的《印度政府法》作为其成文宪法，直到独立后的宪法能够起草出来为止；在默认的情况下，这考虑到君主立宪制作为英联邦王国的领地继续存在。
君主根据巴基斯坦总理的建议，任命了一位总督，担任实际的国家元首。
被认为是"伟大领袖"的穆罕默德-阿里-真纳告诉缅甸第一代伯爵路易-蒙巴顿说："当我担任总督时，我将按照我的指示行事"。"当我担任总督时，总理将按我的指示行事" -- -- 然而，真纳的健康状况迅速恶化，使这个问题失去了意义。
真纳去世后，巴基斯坦总督继续发挥着比《印度法》规定更大的作用，罢免了多位总理，巩固了权力。
1956年巴基斯坦成为共和国时，总督一职被巴基斯坦总统一职取代。当时的总督伊斯坎德尔-米尔扎成为巴基斯坦的第一任总统。
