克罗地亚独立国的大部分人口不是克罗地亚人,主要是由于波斯尼亚的加入。它有大量的塞族人(约占当时克罗地亚人口的19%,超过NDH人口的30%)、波斯尼亚穆斯林(当时波斯尼亚最大的人口群体,超过NDH人口的10%)、德国人、匈牙利人和其他人。天主教徒(主要是克罗地亚人、德国人和马加尔人)占630万人口的50%多一点。NDH的政治家和部长米勒-布达克(Mile Budak)--也是一位克罗地亚作家--立即借机宣布穆斯林为 "兄弟",并想迫使他们皈依基督教。许多克罗地亚人同意这样的观点,即大多数波斯尼亚穆斯林实际上是克罗地亚人,他们在15世纪土耳其人入侵期间皈依了伊斯兰教。
许多波斯尼亚穆斯林接受了NDH(在许多情况下是在皈依基督教或被处决的惩罚下被迫接受的),并立即参与其中。最臭名昭著的伊斯兰教Ustase师是党卫军Handschar的第13Waffen山地师。为了纪念这些信仰穆斯林的士兵,在萨格勒布--克罗地亚的首都--建造了一座清真寺,被称为 "波格拉夫尼克清真寺 "或波格拉夫尼克清真寺。尽管帕维利奇保证与克罗地亚人平等,但许多穆斯林很快对克罗地亚的统治感到不满。一位穆斯林领袖报告说,没有一个穆斯林在政府中占据有影响力的职位。乌斯塔什、切特尼克和南斯拉夫游击队在北约领土上爆发了激烈的战斗。一些乌斯塔什民兵部队确信穆斯林是共产主义的同情者,并烧毁了他们的村庄,杀害了许多平民。
乌斯太斯几乎立即颁布了反映接受纳粹德国和意大利法西斯意识形态的种族法,并将重点放在克罗地亚的民族问题上。
1941年4月17日的第一个 "保卫人民和国家的法律命令 "命令对 "侵犯克罗地亚人民的荣誉和重大利益以及克罗地亚独立国家的生存 "的人判处死刑。很快,1941年4月30日的 "种族法律秩序 "和 "保护雅利安人血统和克罗地亚人民荣誉的法律秩序",以及1941年6月4日的 "建立和界定种族政治委员会的命令 "也随之出台。这些法律行为的执行不仅通过正常的法庭,而且还通过新的非正常法庭以及具有扩大管辖权的流动军事法庭来进行。
正常的监狱已经无法维持新囚犯的数量,因此乌斯塔政府开始为1941年7月的亚塞诺瓦茨集中营打基础。该政权最终将在11个不同的地方建立集中营。
斯塔什开始蓄意开展大规模谋杀、驱逐和强迫宗教皈依的运动,试图清除塞尔维亚人。犹太人和吉普赛人被彻底消灭,也就是被大屠杀运动和较小部分的驱逐出境。
亚塞诺瓦茨集中营将成为杀害多达十万人的地方(有人估计这个集中营是二战中第三大集中营)。Ustase的总体死亡人数估计约为60万人,但所有书面记录都被销毁以掩盖事实。
在克罗地亚独立国,长期的恐怖状态、大规模杀戮、强奸妇女和掠夺受害者的财产,主要迫使塞尔维亚人反叛。根据格莱斯-冯-霍斯滕诺的报告,希特勒对帕维利奇很生气,他的政策激起了克罗地亚的叛乱--希特勒因此失去了在东线与克罗地亚独立国部队交战的能力。此外,希特勒还被迫让他的部队参与平息叛乱。为此,希特勒于1942年9月23日将帕维利奇召到他在维尼察(乌克兰)的战争指挥部。因此,帕维利奇用不太热心的尤里-弗朗塞蒂奇(Jure Francetić)取代了他的武装部队部长斯拉夫科-克瓦特尼克(Slavko Kvaternik)。在会见希特勒之前,为了安抚公众,帕维利奇发表了 "重要政府公告"("Važna obavijest Vlade"),他在公告中威胁那些散布 "关于某个外国势力的代表要解除乌塔什部队武装的不存在的威胁,关于克罗地亚军队被外国军队取代,关于某个外国势力可能夺取克罗地亚政权的消息......"(Hrvatski narod,1942年9月3日。)
1943年1月14日,被任命为克罗地亚独立国盖世太保的汉斯-赫尔姆在他的秘密报告中--(以 "游击队危险的基础 "为题--寄给卡什将军)写道:"大部分游击队来自塞族--由于他们是被迫害的最邪恶的方式。......克罗地亚的新政权开始了消灭和毁灭塞族人的方案,(这些方案)得到了克罗地亚政府最高层的公开支持,(这些方案)被采纳为政府的主要目标。从乌斯塔什官方方面传来不同的谈话--在叛乱的压力下和由于事件的发展--甚至提到了和解--这一事实使得没有可能补偿例如柏林的实际(克罗地亚)部长米勒-布达克博士造成的伤害......"被任命的霍斯泰诺将军在他的报告中写道。"乌斯塔什运动由于他们所犯的错误和暴行,以及腐败,已经受到了极大的损害,政府的行政部门(护卫队和警察)应与政府分离--甚至以断绝与政府的任何可能联系为代价......"