启动
虽然阿波罗4号的飞行很完美,但阿波罗6号从一开始就出现了问题。飞行两分钟后,火箭出现了严重的Pogo振荡,持续约30秒。火箭的各个部分开始像音叉一样振动。这包括燃料管道。这些振动导致连接指挥舱和登月舱与土星五号的部分受损。
第一级完成后,S-II第二级开始出现自己的问题。二号发动机(共五个)在升空后225秒出现问题。在319秒时情况变得更糟,然后在412秒时发动机关闭。两秒钟后,三号引擎也关闭了。机载计算机能够做出改变,其他发动机比正常情况下多燃烧了58秒。S-IVB第三级也不得不比平时多燃烧了29秒。S-IVB也没有正常工作。
S-IC第一级在佛罗里达州以东的大西洋上坠落回地球(30°12′N 74°19′W / 30.200°N 74.317°W / 30.200; -74.317),而S-II第二级在亚速尔群岛以南坠落(31°12′N 32°11′W / 31.200°N 32.183°W / 31.200; -32.183)。
軌道
由于发射问题,火箭没有达到计划高度。在两个轨道之后,第三级S-IVB无法重新启动。决定使用阿波罗服务舱发动机使航天器进入更高的轨道,就像在阿波罗4号中那样。它燃烧了442秒(比它在月球任务中发射的时间还要长),以达到计划的11989海里(22204公里)的高度。没有足够的燃料来加快重返大气层的速度。航天器只以每秒33,000英尺(10,000米/秒)的速度进入大气层,而不是计划中的登月返回时每秒37,000英尺(11,000米/秒)的速度。然而,这已经在阿波罗4号上得到了证明。
发射10小时后,它在夏威夷以北的北太平洋上离计划的着陆点43海里(80公里)处着陆,并被吊装在冲绳号上。
三周后,S-IVB的轨道变慢,它于1968年4月25日重新进入大气层。
虽然阿波罗6号没有达到任何一个方向的速度,但它被认为是成功的,足以让宇航员在下一个土星五号上飞行。这将围绕月球而不是阿波罗8号计划的地球轨道。相反,下一次飞行,阿波罗7号,没有使用土星五号,在地球轨道上测试了一个载人的阿波罗模块。