非编码DNA序列是指生物体DNA中不编码蛋白质序列的部分。

一些非编码DNA被转录成有功能的非编码RNA分子(如转移RNA、核糖体RNA和调节RNA),而另一些非编码DNA则不被转录或产生功能不明的RNA转录物。非编码DNA的数量在不同物种之间有很大的差异。例如,人类基因组中98%以上是非编码DNA,而典型的细菌基因组中只有约2%是非编码DNA。

最初,很大一部分非编码DNA没有已知的生物功能。它被称为"垃圾DNA",特别是在媒体上。然而,多年来人们已经知道,许多非编码序列是有功能的。这些包括功能性RNA分子的基因和DNA序列,如"开始复制"信号、中心粒端粒

其他非编码序列可能具有但尚未发现的功能。这是从不同种类的DNA中所看到的高度的序列相似性推断出来的。

DNA元素百科全书(ENCODE)项目在2012年9月提出,人类基因组中80%以上的DNA"从生化角度讲,具有某种用途"。这一结论遭到了其他一些科学家的强烈批评。