托马斯-亨特-摩根（Thomas Hunt Morgan，1866年9月25日-1945年12月4日）是美国遗传学家和胚胎学家。摩根于1890年在约翰-霍普金斯大学取得博士学位，在布林莫尔学院时研究胚胎学。
1900年重新发现孟德尔遗传后，摩根将研究方向转向果蝇黑腹果蝇。1904年，E.B.威尔逊邀请摩根加入他在哥伦比亚大学的工作。此举使摩根腾出手来，完全专注于实验工作。在哥伦比亚大学著名的苍蝇室里，摩根得以证明基因携带在染色体上，是遗传的机械基础。这些发现构成了现代遗传学科学的基础。
1928年，摩根移居加州，担任加州理工学院（CalTech）生物系主任。研究重点是遗传学和进化、实验胚胎学、生理学、生物物理学和生物化学。
他于1933年获得诺贝尔生理学或医学奖。这是为遗传学颁发的第一个奖项，因为他发现了染色体在遗传中的作用。该奖没有与实验室的主要研究人员阿尔弗雷德-斯特万特分享，诺贝尔委员会的这一决定无疑是有争议的。
摩尔根对果蝇的早期工作是关于被称为"耦合"和"排斥"的联结，是英国工人在1909年和1910年利用甜豌豆发现的。实际上，这些都是同一个现象，后来被称为联动。摩尔根的第一篇论文涉及苍蝇白眼基因的性联结的证明，雄蝇是异性联结（XY）。
在他杰出的职业生涯中，摩根写了22本书和370篇科学论文，由于他的工作，果蝇成为遗传学中主要的"模式生物"。他在加州理工学院创办的生物学部培养了7位诺贝尔奖得主。