城市因河而得名(古俄语:гра́д Моско́в,意为"莫斯克瓦河旁的城市")。这个名字的由来不详,但有些人有一些想法。一是这个名字可能来自一种很古老的芬兰语,其中有"黑暗"和"阴暗"的意思。俄罗斯人第一次提到莫斯科是在1147年,当时尤里-多尔戈鲁基号召诺夫哥罗德-塞维尔斯基(北诺夫哥罗德)的王子"到我这里来,兄弟,到莫斯科来"。
九年后的1156年,尤里-多尔戈鲁基亲王下令修建了一道木墙,围绕着这座不断发展的城市,这道木墙不得不重做了许多次。在1237-1238年的进攻中,蒙古人把城市烧成了一片废墟,并杀死了生活在那里的人民,莫斯科又重新成长起来,并在1327年成为弗拉基米尔-苏兹达尔公国(由王子统治的一块土地)的首都。它在伏尔加河起点的良好位置帮助城市慢慢地发展壮大。莫斯科变成了一个和平而富足的公国,被称为莫斯科大公国,多年来,俄罗斯各地大量的人都搬到那里居住。
在伊凡一世时期,这座城市取代特维尔成为弗拉基米尔-苏兹达勒的政治中心,成为蒙古-鞑靼统治者的唯一收税人。通过缴纳高额税收,伊凡与大汗达成了一项重要的交易。与其他公国不同的是,莫斯科没有分给他的儿子,而是全部传给了他的长子。然而,莫斯科并不喜欢蒙古人的统治。1380年,莫斯科王子德米特里-东斯科伊率领俄罗斯军队在库利科沃战役中取得了对鞑靼人的重要胜利。仅仅两年后,莫斯科就遭到托克塔米什汗的突袭。1480年,伊凡三世终于使俄国人摆脱了鞑靼人的控制,使莫斯科成为俄国的权力中心。在伊凡三世的统治下,这座城市成为一个帝国的首都,这个帝国最终将包括整个俄罗斯和其他国家。
1571年,克里米亚鞑靼人突袭莫斯科,烧毁了除了克里姆林宫以外的一切。
1609年,瑞典军队在雅各布-德拉加迪伯爵和埃弗特-霍恩的率领下,从大诺夫哥罗德向莫斯科进发,帮助沙皇瓦西里-舒伊斯基。他们于1610年进入莫斯科,阻止了反沙皇的革命,但于1611年初离开。此后波兰人入侵。在波兰-莫斯科战争期间(1605-1618年),赫特曼(军队指挥官)斯坦尼斯瓦夫-若乌基耶夫斯基在克鲁希诺战役中击败俄国人后进入莫斯科。17世纪发生了很多革命,如盐业暴动(1648年)、铜业暴动(1662年)、1682年莫斯科起义。
1654-1656年的瘟疫使莫斯科一半的人口死亡。1703年彼得大帝在波罗的海沿岸附近修建了圣彼得堡,1712年该市不再是俄罗斯的首都。1771年的鼠疫是俄罗斯中部最后一次大瘟疫,仅莫斯科就有10万人死亡。1812年法国入侵俄国时,9月14日拿破仑的军队逼近莫斯科城,莫斯科人烧城逃跑。拿破仑的军队饥寒交迫,不得不离开,由于俄国冬天天寒地冻,加上军队的一些攻击,几乎全军覆没。
1905年1月,亚历山大-阿德里安诺夫成为莫斯科第一任市长。1917年俄国革命后,1918年3月12日,莫斯科成为苏联的首都。二战期间(俄罗斯称为伟大的卫国战争),德国入侵苏联后,苏联国家防御集团和红军指挥官被安排在莫斯科。
1941年,在莫斯科人中成立了16个民族志愿队(16万多人)、25个营(18500人)和4个工兵团。当年11月,德军在莫斯科战役中被拦在城边,然后被赶走。许 多 工 厂 被 迁 走 , 政 府 的 大 部 分 也 被 迁 走 , 从 10 月 20 日 起 , 城 市 被 宣 布 围 困 。留在这里的人们建立并使用反坦克防御系统,而城市则遭到空中轰炸。约瑟夫-斯大林(俄国领导人)没有离开这座城市,所以总参谋部也留在了这座城市。即使在被围困的情况下,莫斯科地铁系统的建设在战争中仍在继续,到战争结束时,一些新的地铁线路已经开通。
1944年5月1日,莫斯科获得莫斯科保卫战奖章,1947年又获得莫斯科800年纪念奖章。为纪念战胜纳粹德国20周年,1965年5月8日,莫斯科成为被授予英雄城市称号的12个苏联城市之一。
1980年,莫斯科举办了夏季奥运会,由于1979年底苏联在阿富汗的战争,美国和其他一些西方国家没有去参加。1991年,莫斯科发生了反对戈尔巴乔夫统治的政府成员企图推翻莫斯科的失败。同年苏联结束后,莫斯科继续作为俄罗斯的首都。
此后,莫斯科开始实行市场经济,使西式商店、服务、建筑和生活方式都有了很大的发展。1998年,这里举办了第一届世界青年运动会。