无氧呼吸是一种不使用氧气的呼吸方式。氧以外的元素用于电子传输。常见的氧的替代品有硝酸盐、铁、锰、硫酸盐、硫磺、富马酸和二氧化碳。大肠杆菌利用硝酸盐和富马酸进行呼吸。
电子传输链要发挥作用,必须在链的末端有一个最后的电子接受体。这使得电子能够通过链。在有氧生物中,这个最后的电子接受体就是氧。分子氧是一种高度氧化剂,所以它是一种极好的接受体。在厌氧生物中,使用其他氧化性较低的物质,如硫酸盐(SO42-)、硝酸盐(NO3-)、硫(S)。这些末端电子接受体的还原电位比O2小,所以每个氧化分子释放的能量较少。因此,无氧呼吸的效率低于有氧呼吸,当然,缺氧时除外。
如果完全不使用氧气,这个过程称为发酵。利用发酵的生物例子有乳酸菌、酵母菌。酵母菌是一种真菌,不是细菌。
无氧呼吸的方程式为:。

