主要组织相容性复合体，或称MHC，是免疫细胞如白细胞外部的一种分子。它在所有脊椎动物中由一个大的基因家族编码。
MHC分子的功能是感知外来抗原，因此也就是感知 "外来 "蛋白质的存在。它们将病原体的肽片段结合到其细胞表面。一旦在那里，这些片段就会被T细胞识别。适应性免疫取决于这一反应。
主要组织相容性复合体
效果
MHC分子的两个特性使病原体难以躲避免疫反应。
1.MHC是多基因的。有几个不同的基因，所以每个人或动物都有一组MHC分子，它们结合的肽的范围有些不同。
2.MHC基因是高度多态的。这意味着人口中每个基因都有多个变体等位基因。多态性如此之高，以至于在一个混杂的人群中，除了同卵双胞胎外，没有两个个体具有完全相同的MHC基因和分子集。
在一个群体中，许多不同等位基因的存在意味着几乎总是会有一个具有特定MHC分子的个体能够装载正确的肽来识别特定的微生物。MHC多态性的进化意味着一个种群不会屈服于新的病原体或变异的病原体，因为至少有些个体能够发展出足够的免疫反应来打败病原体。MHC分子的变异是不同MHC分子遗传的结果。
移植
移植仅限于那些在组织匹配测试中从MHC系统获得最少反应的组织。
自身免疫性疾病
当免疫细胞不能识别其他细胞的MHC分子并开始攻击自己的身体时，就会发生自身免疫性疾病。