加尔文在他最后的岁月里,他的力量是非常大的。他作为一个不同于马丁-路德的改革家而闻名于世。主要是路德和加尔文互相尊重。然而,路德和苏黎世的一位改革家Huldrych Zwingli对圣餐礼的想法不同。加尔文对它的想法使路德认为加尔文同意茨温利的观点。同时,加尔文也为改革者不在一起而感到难过。他试图通过签署"提古里斯共识"来使他们联合起来。这是苏黎世教会和日内瓦教会之间的协议。
加尔文对讲英语的人最大的帮助是给日内瓦的玛利亚流亡者以保护。他从1555年开始这样做。在这个城市的保护下,他们可以在约翰-诺克斯(John Knox)和威廉-惠廷汉(William Whittingham)的领导下建立自己的改革教会。他们后来将加尔文的许多思想带回了英国和苏格兰。然而,加尔文最感兴趣的是试图 改变他的祖国法国。他通过发放文献和提供牧师来帮助建立教会。1555年至1562年间,有一百多名牧师被派往法国。
在日内瓦里面,加尔文主要是想做一个collège,一个儿童的学校。1558年3月25日选好了建校的地方。第二年1559年6月5日开学。它分为两个部分。一部分是文法学校。这所文法学校被称为collège或schola privata。另一部分是一所高级学校,称为académie或schola publica。五年内,文法学校有1200名学生,高级学校有300名学生。该中学后来成为加尔文中学,是日内瓦的大学预科学校之一。该学院后来成为日内瓦大学。
1558年秋,加尔文因发烧而病倒。他担心自己会在完成《教义》的最后一次修订之前死去。正因为如此,他强迫自己工作。最后一版变得更长了,所以加尔文称它为新作。在最后一版之前的版本中,它是21章。但是,在最后一版中,却是80章。这是因为在已有的材料中,有更多的细节:更多的主题并没有真正增加。在他好转后不久,他在讲道时就绷紧了嗓子,这使他剧烈地咳嗽。这使他剧烈地咳嗽起来。他的肺部血管破裂了。在这之后,他的健康状况变得更加糟糕。1564年2月6日,他在圣皮埃尔进行了最后一次布道。4月25日,他立下遗嘱。在遗嘱中,他给家人和学院留下了一点钱。几天后,教会的牧师们来看望他。他死于败血症。这次告别记录在《Discours d'adieu aux ministres》中。他回忆了他在日内瓦的生活。加尔文于1564年5月27日去世。他当时54岁。第二天,他被埋在普兰帕莱教堂的一座无名墓中。人们不清楚坟墓的具体位置。然而,在19世纪,人们在传统上认为是加尔文的坟墓上加了一块石头。