共同起源

难道我们不能说，在自然界产品的偶然组合中，一定会有一些具有某种健身关系的特征，它们能够生存下去，那么，这种健身关系存在于目前存在的所有物种中也就不足为奇了？人们会说，机会产生了无数的个体；一小部分发现自己的构造是这样的，即动物的各个部分能够满足它的需要；在另一个无限大的数量中，既没有适配性，也没有秩序：所有这些后者都已经灭亡了......我们今天看到的物种只是盲目的命运所产生的最小的一部分......

共同的生物化学和遗传密码

所有已知的生命形式都基于相同的基本生化组织。

遗传信息在DNA中编码，并转录成RNA，然后由（高度相似的）核糖体翻译成蛋白质，以ATP、NADH和其他作为能量来源，等等。

这些相似之处包括能量载体三磷酸腺苷（ATP），以及在蛋白质中发现的所有氨基酸都是左旋的（手性）这一事实。

此外，从细菌到人类，所有已知的生命体的遗传密码（"翻译表"，据此将DNA信息翻译成蛋白质）几乎是相同的。

这种代码的普遍性被生物学家普遍认为是支持普遍共同世系理论的确切证据。对遗传密码的微小差异的分析也为普遍共同世系提供了支持。对各种替代假说的统计比较表明，普遍的共同祖先比涉及多个起源的模型明显更有可能。

系统发育树

另一个重要的证据是，可以构建详细的系统发育树（即物种的 "谱系树"），描绘出所有生物物种的拟议划分和共同祖先。2010年，一项对现有遗传数据的分析，将它们映射到系统发育树上，为 "生命的统一性提供了坚定的定量支持。......通过正式的测试，现在对生命的统一性有了强有力的定量支持。

传统上，这些树是用形态学方法建立的，如比较解剖学、胚胎学等。最近，已经可以使用分子数据来构建这些树，基于遗传和蛋白质序列的相似性和差异。所有这些方法产生的结果基本上是相似的。基于不同类型信息的系统发育树彼此一致，是潜在共同血统的有力证据。

这些氨基酸可能是最早被构建成蛋白质的：丙氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、甘氨酸、组氨酸、异亮氨酸、丝氨酸、苏氨酸和缬氨酸。这些氨基酸也是在火花管模拟，以及对默奇森陨石的分析中发现的。其他氨基酸是后来加入到遗传密码中的，包括几种最复杂的氨基酸。