真核生物

真核细胞通常比原核生物大得多。它们可以大到10倍。真核生物细胞有许多不同的内部膜和结构，称为细胞器。它们也有一个细胞骨架。细胞骨架是由微管和微丝组成的。这些部分对细胞的形状非常重要。真核生物的DNA被放在称为染色体的束中，在细胞分裂过程中被微管纺锤分开。大多数真核生物都有某种通过受精进行的有性生殖，而原核生物不使用这种方式。

原核生物没有性别，但它们可以将DNA传给其他细菌。它们的细胞分裂是无性的。细菌共轭是指细菌将一个遗传元素（通常是质粒或转座子）从一个细菌转移到另一个细菌。

真核生物有一组位于细胞核内的线型染色体，染色体的数目通常是每个物种的典型。

内膜

在真核细胞中，有许多东西周围都有膜。所有这些东西加在一起就叫内膜系统。简单的袋子，被称为囊泡或空泡，有时是由其他膜萌生的，就像孩子们如何用他们的玩具制造气泡一样。许多细胞利用一种叫做内吞作用的东西来摄取食物和其他东西。在内吞作用中，最靠近外面的膜向内弯曲，然后捏断，形成一个囊泡。许多其他有膜的细胞器可能一开始就是囊泡。

核由两层膜包围，膜上有孔，所以东西可以进出。核包膜上有一些东西伸出来，看起来像管子和片子。这些被称为内质网，通常被简称为ER。ER的作用是移动蛋白质，让它们成熟。

ER有两部分，粗糙的ER和光滑的ER。粗糙的ER有核糖体附着在上面。由核糖体连接到粗糙的ER的蛋白质去粗糙的ER内部，称为腔。之后，它们通常进入囊泡，囊泡生长并从平滑ER上捏断。在大多数真核生物中，里面有蛋白质的囊泡与一堆扁平的囊泡融合，称为高尔基体，里面的蛋白质又会发生变化。

囊泡有时会发生变化，所以它们可以很好地做一件事。这就是所谓的特化，或分化。例如，溶酶体里面有酶，可以分解食物空泡来的食物，过氧化物酶体有酶，可以分解过氧化物这种毒物，所以它没有毒了。

许多原生动物都有收缩性空泡，这是一种可以从外膜上融合或夹断的空泡。收缩性空泡常被用来获取和摆脱不需要的水。外泌体射出的东西能使捕食者走开或捕捉食物。在多细胞生物中，激素常在囊泡中制造。在复杂的植物中，植物细胞的内部大部分被一个中央空泡所占据。那个中央空泡是保持渗透压的主要东西，这样细胞才能保持其形状。

由于真核生物的细胞器具有不同的（多型）起源，因此产生了该组是否是一个统一的支系的问题。可以肯定的是，原核生物不是。细胞器是执行明确功能的专门单位，如线粒体和质体。现在相当清楚的是，这些细胞器的所有或大多数都起源于曾经独立的原核生物（细菌或古生物），而真核生物细胞是一个"微生物的共同体"，在"便利的婚姻"中共同工作。第一次这样的事件发生在古代细菌之间，产生了被称为革兰氏阴性菌的双膜类。由于革兰氏阴性菌包括蓝藻，所以这是真核生物历史上几次此类事件中的第一次。

古菌的作用

最近的研究表明，"已知的古菌中'真核生物特异性'蛋白质的序列[表明]古菌宿主细胞已经含有许多支配真核细胞复杂性的关键成分"。

分类法

原生动物是一组不同的单细胞生物。更准确的分类法已经被提出，但科学家们仍在讨论。因此，原生门对于谈论这些生物仍然是有用的。现代对真核生物分类的一种方案如下：

然而，在2005年，有人对这些超级群中的一些是否为单系群表示怀疑，特别是Chromalveolata，而2006年的一项审查指出，所谓的六个超级群中有几个缺乏证据。

真核生物可能只是在细胞是由细菌和古菌衍生出来的共同体的意义上是统一的；意见不一。像原生动物一样，真核生物可能是一个多型的集合，虽然是一个有用的集合。然而，如上所述，真核生物的所有分支都有有性繁殖。这一点，以及核的一般组织，是决定性的特征。这两点是单系起源的主要证据。

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