古菌（或Archea）是一组单细胞生物。这个名字来自希腊语αρχαία，即"古老的"。它们是生物体的一个主要分支。

古菌是微小而简单的生物。它们最初是在极端环境中被发现的（嗜极生物），但现在被认为是在较普通的环境中常见的。许多古菌可以在非常高(超过80℃)或非常低的温度，或高盐、高酸或高碱的水中生存。有些已在喷泉、黑烟囱、油井和深海热喷口中被发现。最近的研究在土壤和海水中发现了食氨的古菌。

过去曾将它们与细菌归为原核生物(或王国门)，并命名为古菌，但这是一个错误。古菌有独立的进化史，在生物化学上表现出与其他生命形式的许多不同。现在，它们被列为三域系统中的一个独立领域。在这个系统中，进化世系的三个不同分支是古菌、细菌和真核生物。

古菌和细菌一样，都是原核生物：没有真核生物类型的细胞核和细胞器的单细胞生物。