鞭毛（复数：鞭毛）是一种长长的鞭状结构，帮助一些单细胞生物体移动。它由微管组成。它们帮助推动细胞和生物体做鞭状运动。真核生物的鞭毛通常以"S"形运动，并被细胞膜包围。
鞭毛在结构上与小得多的纤毛几乎相同。以至于有人建议将带有其中之一的原生动物统一归入Undulipodia门。此前，Margulis曾提出，纤毛虫应该单独放在一个门Ciliophora中。诚然，原生动物门是由不同的单细胞形式组成的集合，但虽然一个更复杂的分类学正在变化中，原生动物门仍然是一个有用的术语。
纤毛和鞭毛是细胞器，是执行明确功能的专门单位，就像线粒体和质体一样。现在相当清楚的是，所有这些细胞器或大多数细胞器都起源于曾经独立的原核生物（细菌或古生物），而真核生物细胞是一个"微生物的共同体"，在"便利的婚姻"中共同工作。
