蛋白质折叠是蛋白质获得其功能形状或"构象"的过程。它主要是一个自组织过程。从一个随机的线圈开始，多肽折叠成其特有的工作形状。该结构由氢键固定在一起。
这些阶段是：
- 每种蛋白质从mRNA序列翻译成线性氨基酸链时，都以未折叠的多肽或随机线圈的形式存在。这种多肽缺乏任何发达的三维结构（上图左侧）。
- 氨基酸之间相互作用，产生一个明确的三维结构，即折叠蛋白（图中右侧）。这就是所谓的原生状态。由此产生的三维结构由氨基酸序列决定（安芬森教条）。
如果没有正确的三维结构，蛋白质就无法工作。然而，蛋白质的某些部分可能不会折叠：这是正常的。
如果蛋白质没有折叠成它们的原生形状，它们就没有活性，通常是有毒的。一些疾病被认为是由错误折叠的蛋白质引起的。许多过敏症都是由蛋白质的折叠引起的，因为免疫系统不会对所有可能的蛋白质结构产生抗体。
