平衡选择是指不同的等位基因(一个基因的不同版本)以高于基因突变的频率保留在群体的基因库中的选择过程

这通常发生在一个基因的合子比同合子有更高的相对适配性。通过这种方式,遗传多态性得以保存。

平衡选择的证据可以在一个种群中维持在突变率频率以上的等位基因的数量中找到。所有的现代研究都表明,这种重大的遗传变异在泛生物种群中是很常见的。达尔文华莱士和其他人的实地经验表明,野外的自然种群是异常丰富的。博物馆收藏的单一物种也讲述了同样的故事。

有几种平衡选择的方式来维持多态性。两个主要的和研究最多的方式是杂合子优势和频率依赖性选择。