生态遗传学是对自然种群的遗传学进化的研究。

这与经典遗传学和DNA序列分析形成鲜明对比,前者主要在实验室菌株之间进行杂交,后者则在分子水平上研究基因。

生态遗传学的研究是关于与健身有关的性状,这些性状影响到生物体的生存和繁殖。例如:开花时间、耐旱性、多态性、模仿性对捕食者的防御

研究通常涉及实地和实验室研究的混合。自然种群的样本可能被带回实验室,以分析其遗传变异。将注意不同时间和地点的种群变化,并研究这些种群的死亡模式。研究通常是针对昆虫和其他生成时间短的生物。