人类微生物组（或人类微生物群）是生活在我们身上的微生物的集合。它们生活在皮肤、唾液和口腔、眼睛、肠道和胃肠道的其他部位，包括细菌、古菌、真菌和单细胞真生物（"原生动物"）。它们包括细菌、古菌、真菌和单细胞真核生物（"原生动物"）。每个人随身携带的这些微生物数量远远超过人体内的细胞数量。人体约有100万亿个细胞，仅在肠道内携带的微生物数量就约为10倍。
微生物组是"由共生、共生和病原微生物组成的生态群落，它们实际上共享我们的身体空间"。这个词最初是由Joshua Lederberg提出的。他认为在健康和疾病中生活在人体中的微生物很重要。许多科学文章将"微生物组"和"微生物群"区分开来，分别描述生活在环境中的微生物的集体基因组或微生物本身。然而，按照原来的定义，这些术语基本上是同义词。
其中一些生物体对人类有用。然而，大多数没有已知的作用。它们只是共生体：它们与我们一起生活。那些预期存在的生物是正常菌群的成员。在正常情况下，它们不会引起疾病，甚至可能有助于我们的健康。2009年的研究问道，如果我们减少这种生物群，我们的健康是否会受到损害。肠道菌群当然也是如此。
虽然"菌群"指的是植物而不是细菌，但'肠道菌群'这个词被生物学家广泛使用和熟悉。'生物群'指的是一个生态系统中生物的总集合。对于细菌和其他微生物来说，'微生物群'这个词是最好的，但毫无疑问，'菌群'会经常被使用。
正在讨论的微生物一般是非致病性的（除非它们生长异常，否则不会引起疾病）；它们与宿主和谐共生地存在。
研究人员了解到，在人体中发现的大部分微生物种群并非细菌，而是一类非常古老的单细胞生物，称为古菌。它们包括产生甲烷并可能导致胀气的甲烷菌。
