菌根

这种相互作用给真菌提供糖类，如植物在光合作用中产生的葡萄糖和蔗糖。碳水化合物从其来源（通常是叶子）转移到根部，然后再转移到真菌伙伴。作为回报，植物可以利用菌丝体非常大的表面积，从土壤中吸收水和矿物营养，特别是磷。

增加吸收的机制有物理和化学两种。菌根菌丝体的直径比最小的根小得多。它们可以探索更大的土壤体积，为吸收提供更大的表面积。"据估计，每公斤土壤中至少含有200公里的真菌菌丝"。

菌根植物通常对疾病有更强的抵抗力，如由微生物土传病原体引起的疾病，也更能抵抗干旱的影响。这些影响也许是由于菌根植物对水和矿物质的吸收得到改善。

菌根对营养贫乏的土壤中的植物特别有利。如果不加入菌根真菌的孢子或菌丝定植于植物根部并帮助吸收土壤中的矿物营养，在无菌土壤和生长介质中生长的植物往往表现不佳。菌根真菌的缺失也会减缓恶劣地区的植物生长。

真菌伙伴还可能帮助植物之间转移糖和其他营养物质。这样的菌根群体被称为普通菌根网络。一些物种栖息在根、茎和叶的组织内，在这种情况下，它们被称为内生菌。与菌根相似，真菌的内生定植可以使双方受益。草的内生菌使它们的宿主对放牧者有更强的抵抗力，并从植物那里得到食物和庇护作为回报。

菌根为其他微生物提供了极好的生态位。菌根真菌可以寄生在真菌细胞内完成其生命周期的细菌。其中最著名的是Geosiphon pyriforme，它可以在特征囊内寄生蓝细菌。臂状菌根（AM）真菌在其细胞质内寄生细菌方面是独一无二的。1970年代首次描述了与细菌非常相似的细胞内结构。后来的研究确定它们是真正的细菌。