疾病的细菌理论生物学中的一种理论。它说,小生物(称为病菌),也称为微生物,会引起疾病。大多数但不是所有的疾病都是传染病。细菌理论指出,小生物体在被感染者的体内引起反应。身体对感染的反应称为疾病。

历史上许多科学家和医生都弄清楚了疾病是由微观生物引起的。即使在显微镜发明之后,人们仍然不知道病菌会引起疾病。长期以来,人们认为臭气熏天的垃圾场和腐烂的肉类所产生的"坏空气"是导致疾病的原因。所以人们认为用布捂住口鼻可以帮助过滤掉"坏空气"。科学家和医生会用大蒜和香水来抵御坏空气。但是人们还是会生病,甚至死亡,所以这个理论是错误的。污染的空气不是疾病的原因。

旧的疾病理论有一个问题,就是人们认为生物是自发生成的。自发生成是指像苍蝇这样的东西是从一小块臭肉上长出来的。这种古老的理论叫做非生物生成论。17世纪,弗朗西斯科-雷迪(Francesco Redi,1626年2月18日-1697年3月1日)发现,苍蝇产卵后会变成蛆。在此之前,人们认为蛆虫来自腐烂的肉。他把一些肉封在罐子里观察,就发现了这一点。在密封的肉上没有发现蛆虫。他还把一些肉放在罐子里,用纱布盖住。纱布上有蛆,但罐子里没有。但当他把肉放在一个打开的罐子里时,在肉上和罐子里都发现了蛆。这样的实验证明,蛆虫来自于产卵的苍蝇,而不是来自于腐烂的肉。后来科学家们会证明,疾病不是来自空气。疾病是通过感染传播的。