生命之树（生物学）

前驱体

拉马克

让-巴蒂斯特-拉马克（1744-1829）在他的《动物学哲学》（1809）中提出了第一个动物分支树。这是一棵上下颠倒的树，从蠕虫开始，以哺乳动物结束。然而，拉马克并不相信所有生命有共同的后裔。相反，他认为生命由独立的平行线组成，从简单到复杂。

希区柯克

美国地质学家爱德华-希区柯克（1763-1864）于1840年在其《初级地质学》中发表了第一个基于古生物学的生命树。纵轴上是古生物时期。希区柯克为植物（左）和动物（右）分别做了一棵树。植物和动物树在图表的底部没有连接。此外，每棵树都以多个起源开始。然而，它们并不是进化树，因为希区柯克认为神灵是变化的媒介。

遗迹

罗伯特-钱伯斯的《创造的自然史遗迹》第一版于1844年匿名出版。它在 "植物界和动物界的发展假设 "一章中包含了一个树状图。它显示了一个胚胎发育的模型，其中鱼（F）、爬行动物（R）和鸟（B）代表了通向哺乳动物（M）的道路上的分支。

在文中，这种分支树的想法被暂时应用于地球上的生命历史："可能有分支"。^p191

爱德华-希区柯克在《初级地质学》（1840年）中的折页古生物图。


图自《创造的自然史遗迹》，1844年，第212页。

达尔文的生命之树

查尔斯-达尔文（1809-1882）是第一个提出生命进化树的人。他对重建生命历史的可能性非常谨慎。在《物种起源》（1859年）第四章中，他为一个未命名的大属的物种提出了一个抽象的生命理论树图（见图）。

用达尔文自己的话说"因此，区分同一物种的小差异将稳步增加，直到它们与同一属或不同属的物种之间的大差异相等。

这是一个没有给物种命名的分支模式，与多年后恩斯特-海克尔（Ernst Haeckel）制作的更多的线性树不同。

在对1872年第6版修订的部分的总结中，达尔文解释了他对生命之树的看法。

同一类别的所有生命的亲缘关系有时被用一棵大树来表示。我相信这个比喻在很大程度上说明了事实。绿色和发芽的树枝可能代表现有的物种；而前些年产生的树枝可能代表已灭绝物种的长期延续......
分成大树枝的肢体，以及这些分成小树枝
和小树枝的肢体，在树年轻的时候，本身也曾经是发芽的小树枝；这种通过枝条的冲刷将以前和现在的芽连接起来的做法，很可能代表了所有已灭绝的和活着的物种在群体下的分类。
在树还是一个单纯的灌木丛时，许多枝条都很茂盛，只有两三根，现在已经长成了大树枝，但仍然存活下来，并承受着其他的树枝；对于那些生活在过去漫长的地质时期的物种，很少有留下活的和改良的后代。从树的最初生长开始，许多肢体和枝条已经腐烂和脱落；这些大小不一的倒下的枝条可能代表了那些现在没有活体代表的整个目、科和属，它们只在化石状态下被我们所知。
就像我们在这里和那里看到一个细小的枝条从一棵树的低处的分叉处跳出来，由于某种机缘，它受到了青睐，在它的顶上仍然活着，所以我们偶尔会看到一种动物，如鸭嘴兽（Ornithorhynchus）或Lepidosiren（南美肺鱼），它在某种程度上通过其亲缘关系连接了生命的两个大分支，而且它显然因为居住在一个受保护的地方而避免了致命的竞争。
就像花蕾通过生长产生新的花蕾，而这些花蕾如果有活力，就会在四面八方开枝散叶，压倒许多较弱的枝条，我相信伟大的生命之树也是
如此，它用它的枯枝和断枝填满了地壳，用它不断分支和美丽的枝条覆盖地表。

- 达尔文，1872年。

生命之树的图像出现在达尔文的《自然选择的物种起源》中，1859年。这是该书的唯一插图

今天的生命之树

树的模型仍被认为对真核生物的生命形式有效。对真核生物树的最早分支的研究表明，这棵树有四个超级群，或者两个超级群。目前似乎还没有达成共识；在一篇评论文章中，罗杰和辛普森得出结论："以目前我们对真核生物生命树的理解的变化速度，我们应该谨慎行事"。

生物学家现在认识到，原核生物、细菌和古细菌有能力通过水平基因转移（HGT）在不相关的生物体之间转移遗传信息。重组、基因丢失、复制和基因创造是基因可以在细菌和古生物物种内部和之间转移的几个过程，造成不是由于垂直转移的变异。正在出现的证据表明，HGT发生在原核生物的单细胞和多细胞水平上，现在出现的观点是，生命之树对生命进化的描述是不完整的。它是理解进化的基本过程的一个有用的工具，但不能解释全部的复杂性。

目前的生命树显示水平基因转移。

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