1861年4月,美国内战爆发。卡森辞去了印第安人代理人的工作,加入了联邦军队。他被任命为中尉。他带领新墨西哥州第一志愿步兵队。他训练新兵。1861年10月,他被任命为上校。1862年2月,志愿军在新墨西哥州的瓦尔维德与联邦军交战。南方军赢得了这场战斗,但后来被打败了。
对阿帕奇人的战役
一旦联邦军被赶出新墨西哥州,卡森的指挥官詹姆斯-亨利-卡尔顿少校,就把注意力转移到了美洲原住民身上。历史学家埃德温-萨宾写道,这位军官对阿帕奇人有着"变态的仇恨"。卡尔顿带领他的部队深入梅斯卡莱罗阿帕奇人的领地。梅斯卡莱罗人厌倦了战斗,将自己置于卡尔顿的保护之下。卡尔顿把这些阿帕奇人安置在佩科斯河以东的一个偏远而孤独的保留地。
卡森不喜欢阿帕奇人。他在一份报告中写道,Jicarilla阿帕奇人"确实是我们部门中最堕落和最麻烦的印第安人.。我们每天都目睹他们在我们的广场上处于一种陶醉的状态。"卡森半心半意地支持卡尔顿的计划。他很累。两年前他受过伤,给他带来了很大的麻烦。他于1863年2月辞去了军职。卡尔顿拒绝接受辞职,因为他希望卡森领导一场反对纳瓦霍人的运动。
反对纳瓦霍人的运动
卡尔顿为他的保留地选择了佩科斯河上的一个荒凉地点。这个保留地被称为Bosque Redondo(圆树林)。他为阿帕奇人和纳瓦霍人选择了这个地方,因为这里远离白人定居点。他还希望这些阿帕奇人和纳瓦霍人能够作为缓冲区,以防止Bosque Redondo东边的Kiowas和Comanches的白人定居点发生任何侵略行为。他还认为,保留地的偏远和荒凉会阻碍白人定居。
梅斯卡莱罗阿帕奇人步行130英里来到保留地。到1863年3月,有400名阿帕奇人在萨姆纳堡附近定居。其他人则向西逃亡,加入了阿帕奇人的逃亡队伍。到了仲夏,这些人中的许多人都在种植庄稼和从事其他农活。
7月7日,卡森对纳瓦霍人的围剿没有什么心思,开始了对部落的行动。他的命令几乎与围剿阿帕奇族的命令相同:他要在现场射杀所有男性,并将妇女和儿童俘虏。在纳瓦霍人全部进入保留地之前,不得签订和平条约。
卡森远涉重洋寻找纳瓦霍人的踪迹。他找到了他们的家园、田地、动物和果园,但纳瓦霍人是快速消失的专家,他们躲在广阔的土地上。围捕对卡森来说是一个很大的挫折。他当时已经50多岁了,又累又病。到了1863年秋天,卡森开始烧毁纳瓦霍人的房屋和田地,并将他们的牲畜赶出该地区。如果这种破坏继续下去,纳瓦霍人将会饿死。一百八十八个纳瓦霍人投降了。他们被送到了Bosque Redondo。博斯克的生活变得非常严峻。谋杀事件时有发生阿帕奇人和纳瓦霍人打了起来。佩科斯河里的水含有矿物质,会让人抽筋和胃痛。居民们要走12英里才能找到柴火。
Canyon de Chelly
卡森想从竞选活动中抽出一个冬歇期。卡尔顿少校拒绝了。基特奉命入侵Canyon de Chelly。许多纳瓦霍人就在这里避难。历史学家大卫-罗伯茨写道:"卡森在1863-1864年冬天对Canyon de Chelly的扫荡将被证明是战役中的决定性行动。"
Chelly峡谷是纳瓦霍人的圣地。他们相信这里将成为他们最强大的避难所。三百名纳瓦霍人在峡谷边缘一个叫堡垒岩的地方避难。他们通过搭建绳梯、桥梁、把水壶放进溪流、避开视线来抵抗卡森的入侵。这三百名纳瓦霍人在入侵中幸存下来。1864年1月,卡森带着他的部队席卷了35英里的峡谷。他砍掉了峡谷中成千上万的桃树。很少有纳瓦霍人被杀或被俘。然而,卡森的入侵证明了纳瓦霍人,白人可以在任何时候入侵他们的国家。许多纳瓦霍人在坎比堡投降。
到1864年3月,坎比堡有3000名避难者。另有5000人抵达营地。他们饱受严寒和饥饿之苦。卡森要求提供给他们吃穿用度。数千名纳瓦霍人被带到博斯克雷东多。许多人死在路上。后面的散兵游勇被射杀。在纳瓦霍人的历史上,这次可怕的跋涉被称为"长途跋涉"。1866年,报告显示博斯克雷东多完全失败。卡尔顿少校被解雇了。国会开始调查。1868年,签署了一份条约,纳瓦霍人被允许回到他们的家园。博斯克雷东多被关闭。
第一场Adobe Walls战役
1864年11月25日,卡森率领他的部队在德克萨斯州泛区的第一次Adobe Walls战役中对西南部落进行了攻击。Adobe Walls是一个废弃的贸易站,居民为了防止敌对的美洲原住民接管而将其炸毁。第一次战役的战斗人员是美国军队和大量的基奥瓦人、科曼切人和平原阿帕奇人。这是大平原上最大规模的交战之一。德州图书馆和档案委员会写道:"Adobe Walls的结果是印第安人在精神上的惨败。它也促使美军采取最后的行动,一劳永逸地粉碎了印第安人。在这一年内,德克萨斯州白人和印第安人之间的长期战争将告一段落。"
这场战役是由于卡尔顿将军认为美洲原住民要为圣菲小道沿线不断袭击白人定居者负责。他想惩罚这些盗贼和杀人犯,于是请来卡森来做这件事。在美国内战期间,大部分军队都在其他地方作战,定居者所寻求的保护几乎是不存在的。他们在乞求帮助。卡森率领260名骑兵,75名步兵,以及72名乌特族和Jicarilla阿帕奇族军队的侦察兵。此外,他还有两门山地榴弹炮。
11月25日上午,卡森发现并袭击了一个有176间民宿的基奥瓦村。破坏之后,他又前进到Adobe Walls。卡森在该地区发现了其他科曼奇人的村庄,并意识到他将面对一支非常庞大的美国原住民部队。佩提斯上尉估计,1200至1400科曼奇人和基奥瓦人开始聚集。这个数字会膨胀到可能有3000人。随后进行了四到五个小时的战斗。当卡森的弹药和榴弹炮弹耗尽时,他命令他的人撤退到附近的基奥瓦村。在那里,他们烧毁了村庄和许多精美的水牛长袍。他的美洲土著侦察兵杀死并残害了四个老弱的基奥瓦人。随后开始向新墨西哥州撤退。卡森的部下几乎没有死亡。卡尔顿将军给卡森写信说:"这次辉煌的战役为你为国家赢得的桂冠又添上了一片绿叶。"这场战役被一些人认为是卡森最辉煌的时刻,也被认为是1865年使基奥瓦人和科曼奇人诉求和平的因素之一。
一些研究过这场战斗的人认为,卡森命令部队撤退是正确的。据报道,只有一个科曼奇人的头皮被卡森的士兵拿走了。第一次Adobe Walls战役将是科曼奇人和基奥瓦人最后一次迫使美军从战场上撤退。Adobe Walls标志着平原部落和他们生活方式结束的开始。
十年后,第二次Adobe Walls战役于1874年6月27日在250至700名科曼奇人和28名守卫Adobe Walls的猎人之间展开。经过四天的围攻,数百名美国土著人撤走了。第二次战役导致了1874-1875年的红河战争,这场战争的结果是南方平原印第安人最终被迁往俄克拉荷马州的保留地。