进化发育生物学根据进化论和现代遗传学来解释发育。它被简称为 "evo-devo"

《物种起源》(1859年)中,查尔斯-达尔文提出了通过自然选择进行进化,这是现代生物学的核心理论。达尔文认识到胚胎发育对理解进化的重要性。

"我们可以看到为什么从胚胎中得到的特征应该与从成人中得到的特征具有同等的重要性,因为自然分类当然包括所有的年龄"。

恩斯特-海克尔(1866)提出 "本体发育重现系统发育",即每个物种的胚胎发育(本体发育)重复该物种的进化发展(系统发育)。例如,海克尔的概念解释了为什么人类,乃至所有脊椎动物在胚胎发育早期都有鳃裂和尾巴。他的理论后来在很大程度上被否定了。