粘液霉

现代分子生物学通过序列分析表明，粘液霉菌不是一个单系群。它们曾经被认为是真菌，但现在它们被分成了三个不同的类群，而且都不是真菌。它们是一个形态分类群，因为有一些共同的特征而放在一起。各组之间的关系尚不明白。

Bikont

黏菌是真核生物细胞，有两个鞭毛。有三类，它们独立演化出黏液霉形态。

• Acrasidae：属于超级群Excavata的粘液霉。
• 迷宫菌纲：属于超群Chromalveolata的粘液网。它们是海洋性的，形成了迷宫式的管状网络，没有伪足的变形虫可以在其中旅行。
• Phytomyxea：寄生原生动物，属于超群的Rhizaria，它们也形成有一个以上细胞核的细胞，是植物内部的寄生虫(如卷心菜俱乐部根病)。它们还形成有一个以上细胞核的细胞，是植物的内部寄生虫（如卷心菜的球根病）。

变形虫

• 霉菌属于超群的变形虫，包括。
• 肌胃炎：合胞性或浆液性粘液霉菌，最常遇到。一种常见的粘液霉菌，在腐烂的原木上形成细小的褐色褶皱，就是Stemonitis。另一种生活在腐烂的原木中并经常被用于研究的形式是Physarum polycephalum。在原木中，它有一个粘稠的黄线网状物的外观，大小可达几英尺。Fuligo在覆盖物中形成黄色结痂。
• 细胞粘液霉：单细胞粘液霉或双细胞粘液霉。细胞粘液霉菌Dictyosteliida与质体粘液霉菌有远亲关系，生活方式截然不同。它们的变形虫不形成巨大的共生细胞，仍然是个体。它们生活在相似的栖息地，以微生物为食。当食物耗尽，准备形成孢子虫时，它们会做一些截然不同的事情。它们向环境中释放信号分子，借此找到对方，形成虫群。然后，这些变形虫联合起来，变成一个微小的多细胞蛞蝓一样的协调生物，它爬到一个有光亮的地方，长成一个果体。有的变形虫变成孢子开始下一代，但也有的变形虫牺牲自己变成死柄，把孢子举到空中。
• 原生菌类。原石器类具有介于前两类之间的特征，但它们要小得多，果体只形成一个到几个孢子。

Opisthokont

Fonticula是一种细胞粘液霉，形成火山状的果体。Fonticula与Dictyosteliida或Acrasidae都没有密切关系。2009年的一篇论文发现它与核菌有关，而核菌又与真菌有关。