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游戏的背景和《光环》系列的其他作品一样，都是在一个虚构的世界里。游戏的大部分时间发生在未来的2553年，距离现在500多年。在故事情节中，人类已经发展到比光速更快的旅行，现在生活在太阳系的许多行星和卫星上。当人类开始在另一颗恒星周围的星球上建造另一个定居点时，他们遇到了外星人圣约。圣约人向人类宣布了宗教战争。在《光环2》中，圣约人发现了地球。在《光环3》开始时，圣约人对地球发起了全面的入侵。
游戏标题中的光环是游戏前很久，由一个叫先驱者的神秘种族建造的一系列太空超级武器的名字。光环的是对另一个被称为洪水的外星种族的最后防御。洪水族想要利用银河系中的所有生物作为食物。光环实际上是巨大的超级武器，一旦启动，就会杀死银河系的所有生命。这是阻止洪荒的唯一办法 杀死他们所有的食物让他们挨饿圣约人并不知道这一点，并试图发射光环，作为一个错误的宗教预言的一部分。在第一部光环游戏《光环：战斗进化》中，人类和总指挥设法阻止了圣约人发射光环。他们还在这个过程中摧毁了其中的一个光环。其中一个光环的破坏启动了一个紧急状态。光环现在可以从一个地方发射，使用一个名为"方舟"的设备。圣约人仍然不明白真相，发动了对地球的入侵，他们认为方舟就埋在那里。这就是《光环3》故事的开始。
角色
光环3》的主角是Master Chief。酋长大师是一名超级士兵，是斯巴达计划最后幸存的成员。斯巴达计划是由人类发起的，利用基因，制造出比普通人类更强壮、更快速、更强悍的士兵。光环1和2中的另一个角色，在合作游戏中由第二名玩家控制，他是外星精英的领袖Arbiter。在《光环2》中他是敌人，但在《光环3》中他与人类联手。其他回归的角色包括老牌的人类兵圣艾弗里-约翰逊、人工智能Cortana、机器人343 Guilty Spark和洪水的危险领袖Gravemind。
情节
光环3》从《光环2》离开的地方开始。玩家再次扮演Master Chief，他向地球坠落。他在肯尼亚蒙巴萨市附近坠毁。他被一队海军陆战队发现，由中士艾弗里-约翰逊带领，从光环和光环2的指挥官。玩家和海军陆战队通过入侵的圣约部队打到一个人类前哨。在这里，他们发现人类部队正在做最后的尝试，以阻止圣约激活他们发现埋在肯尼亚沙漠中的一个门户。然而他们没有成功，圣约人打开了通往"方舟"的传送门，在那里他们将能够发射光环，摧毁银河系。就在圣约舰队的飞船离开传送门后，一艘大船坠入蒙巴萨市。这艘船已经被洪水占领了。玩家作为Master Chief，必须奋力进入被毁坏的太空船，并找回机器人Cortana，她可以告诉他们重新打开传送门的方法，并跟随圣约。一旦玩家成功，人类就会重新打开传送门，并前往追击圣约，阻止他们发射光环。加入他们的是343 Guilty Spark，他是帮助建造第一款游戏中被摧毁的光环的机器人之一。一旦通过传送门，玩家和他的盟友们就会发现被称为"方舟"的巨大行星大小的结构，所有的光环都可以从这里发射。在343 Guilty Spark的带领下，玩家前往方舟的中心，在那里，圣约领袖，真理先知正准备开火。
就在玩家赶到阻止真理先知的时候，被洪水侵袭的High Charity号飞船赶到，试图接管方舟号。玩家、Arbiter和Johnson现在要在Arbiter杀死真理先知并阻止光环发射之前干掉该地区所有的Flood。然而，没有时间让玩家休息，因为他现在必须前往洪水侵袭的飞船中心的核反应堆，高慈善，以努力杀死洪水。一旦这一切完成，玩家和仲裁者必须去激活一个光环。这将摧毁"方舟"并杀死银河系这片区域的所有洪水，同时拯救其余的洪水。玩家和仲裁者前往激活单个光环并拯救银河系。当他们到达时，343 Guilty Spark警告他们，激活这个光环会摧毁整个方舟和光环本身。玩家没有理会这个警告。这激怒了343 Guilty Spark。他杀死了约翰逊军士长，并试图杀死总司令，以保持'他的'光环被摧毁。这实际上是游戏的最后"boss战"。玩家击败了机器人，并激活了光环。一个倒计时开始，但它太晚了，玩家作为首席大师和人工智能Cortana。他们设法登上一艘飞船带他们离开，但它在爆炸中被抓住，并被一分为二。Master Chief被认为已经死亡。
如果玩家在任何难度下完成游戏，在片头后你会看到总管和Cortana幸存下来。如果你在"传奇"难度下完成游戏，你可以在字幕后看到另一个结局。
