医学微生物学,也称为''临床微生物学'',是研究引起人类疾病的微生物,如细菌病毒真菌和寄生虫,以及它们在疾病中的作用。

由于微生物对医学的巨大重要性,微生物和微生物学分支是研究最多的。

医学微生物学研究传染病在病人和人类群体中的发展和进展(流行病学)。它与疾病病理学和免疫学的研究有关。它是医学和微生物学的一个分支,包括五门科学:细菌学、病毒学、寄生虫学、免疫学和真菌学。