双鞭毛虫是一大群鞭毛类原生动物。大约一半是光合作用,其余的主要是其他原生动物的异养捕食者。进行光合作用的有时被宽泛地称为 "藻类";作为捕食者的有时被宽泛地称为 "原生动物"。
它们被不同的作者划分为一个目、一个类和一个门。目前正在对它们的关系进行积极的研究。
大多数是海洋浮游生物,但它们在淡水栖息地也很常见。它们的种群分布取决于温度、盐度或深度。该组包括许多共生体和生物发光的物种。
目前描述的自由生活的海洋甲藻约有1,555种。最新的估计表明,总共有2294个活的甲藻物种,其中包括海洋、淡水和寄生甲藻。